Суда с грузом индийского перца отправлялись в Португалию в основном с Малабарского берега, где королевские чиновники должны были покупать его на рынках Кочина и Кранганура, ведя конкуренцию с индийскими купцами. Как уже упоминалось выше, большое количество перца производилось также на Суматре и Западной Яве, но большая его часть шла на китайский рынок. Этот индонезийский перец был дешевле малабарского, но такого же хорошего (или даже лучшего) качества; однако из-за конкуренции со стороны ачехских и китайских купцов португальцы так и не смогли сбить цену на перец на Малабарском берегу. Во второй половине XVI в. малабарские торговцы перцем соглашались брать плату за него только золотом, однако португальцы никогда не могли присылать из Лиссабона столько звонкой монеты, сколько было у венецианцев, покупавших на золото пряности в странах Ближнего Востока. К сожалению, документация индийско-португальских монетных дворов в Гоа и Кочине не сохранилась, и свидетельства, какое количество золотых монет поставлялось ежегодно из Лиссабона в Индию, далеко не полны. Но при сопоставлении различных фактов становится ясным, что большая часть золота, необходимого португальцам для своих закупок в Малабаре, поступала начиная с 1547 г. из Юго-Восточной Африки, Суматры и Китая. Именно в этот год (или на следующий) на монетном дворе в Гоа была начата чеканка золотой монеты под названием «Сан-Томе» («Св. Фома»), которая имела хождение в течение длительного времени наряду с популярным венецианским дукатом, ашрафи Ормуза, турецкими цехинами, пагодами Виджаянагара, мохурами Великих Моголов и другими золотыми монетами, ходившими по всему Востоку.

Первоначально перец в Лиссабоне был в свободной продаже для всех, но после 1503 г. все импортные товары начали продаваться через посредничество Дома Индии (Casa da India). В 1530 г. вышел королевский указ, что отныне Дом должен продавать пряности оптом (начиная от веса в один квинтал и больше), за исключением небольших их количеств, приобретаемых для пополнения аптекарских запасов. Как португальские, так и иностранные купцы закупали перец в Лиссабоне; одним из первых крупных предпринимателей в торговле пряностями был флорентийский купец и банкир Бартоломе Маркионе, заключавший большие контракты на поставку товаров из Гвинеи еще во время правления короля Жуана II. На протяжении почти всего XVI в. Антверпен был основным перевалочным и складским пунктом лиссабонского перца, откуда он поставлялся в различные страны Северо-Западной Европы. Немецкие и итальянские купцы и банкиры Фуггеры, Аффаитади (в Португалии они стали известны под именем Лафета), Джиральди соперничали друг с другом или же объединяли свои усилия, чтобы покупать перец и другие пряности у португальцев на основе долгосрочных и краткосрочных контрактов. Вплоть до 1549 г. португальцы имели свое собственное представительство в Антверпене, но оно прекратило свою деятельность в этом же году из-за невозможности конкурировать с более опытными фламандскими, немецкими и итальянскими торговцами. В последней четверти XVI в. иностранным купцам, заключавшим контракты на поставку перца, было позволено иметь свои представительства в Гоа и Кочине, чтобы можно было на месте наблюдать за покупкой и отправкой пряностей. Однако вследствие частых кораблекрушений и других непредвиденных случаев подрядчикам очень редко удавалось доставить товар в Лиссабон.

Кроме перца во второй половине XVI в. вырос португальский импорт мускатного ореха, корицы и имбиря, поскольку цена на них в этот период выросла почти в три раза. Португальская монархия не получала большого дохода от гвоздики и мускатного ореха, поскольку большие средства уходили на ежегодное снаряжение каррак и галеонов, на которых доставлялись пряности с Молуккских островов и моря Банда, и содержание фортов в Амбоне, Тернате и Тидоре. Контрабандная торговля процветала на этих отдаленных островах в значительно большей степени, чем где-либо еще. Королевский чиновник в Кочине в 1568 г. утверждал, что два галеона с гвоздикой, пришедшие с Молуккских островов, привезли только 2400 фунтов гвоздики, хотя оба корабля были снаряжены на средства короля. Большинство индонезийских пряностей были проданы португальцами в