Если рабочих рук в португальской морской империи постоянно не хватало, состояние морского флота было проблемой не меньшей. Полных данных о количестве португальских судов в этот период не имеется, но современники поэт Гарсия де Резенде и мыслитель-гуманист и историк Дамиан де Гойш одновременно утверждают, что Португалия имела не больше 300 судов, которые могли выходить в открытый океан. И такое положение было на самом пике ее могущества как морской державы приблизительно в 1536 г. Эта цифра для такой небольшой страны впечатляет. Однако подобное количество судов явно недостаточно для поддержания морской торговли империи, ведущейся по всему миру. Подходящее дерево для строительства кораблей было нелегко приобрести в самой Португалии; отсутствовали также дороги и судоходные реки, необходимые для его транспортировки из внутренних областей страны, где произрастали леса из дуба. Сосновый лес в Лейрии, посаженный недалеко от побережья по распоряжению короля еще в Средние века для снабжения верфей корабельным лесом, давал древесину не лучшего качества. Большую часть леса приходилось покупать на побережье Бискайского залива и в Северной Европе. Это касалось также корабельного имущества: рангоутного дерева, железных изделий, парусины и других материалов для парусов и такелажа.

В некоторой степени дефицит покрывался в Индии, где тиковый лес, произраставший на западном побережье, шел на верфи в Гоа. Из его прочной водостойкой древесины строились в XVI–XVII вв. отдельные большие каракки и галеоны. Корабельные плотники на королевских верфях в Лиссабоне и Порту строили очень хорошие суда, которые вызывали восхищение у европейцев. Однако эти большие корабли были тихоходны, строительство их обходилось дорого, замену им было найти трудно. Индия, Малайя и Китай обеспечивали поставки древесины в неограниченном количестве для строительства небольших каботажных судов. Это были галиоты, фрегаты и подобные им парусные и гребные суда, которые можно было легко заменить, если они выходили из строя. Но опять давала себя знать проблема нехватки людей. В итоге на португальские суда, участвовавшие в морской торговле в Азии, начали набирать команды из местных моряков – так повелось со времен Албукерки, – офицерами же были португальцы или мулаты. Даже огромные каракки, водоизмещением от 1 до 2 тысяч тонн, которые плавали между Гоа, Макао и Нагасаки, имели команды, полностью укомплектованные из негров-рабов и азиатов, за исключением корабельных офицеров и 15–20 португальских солдат и канониров. На португальских кораблях, которые плавали между портами Индийского океана, капитан иногда был единственным на борту белым человеком. Даже лоцманами и боцманами, а зачастую и моряками, часто были мусульмане из Гуджарата. Еще в 1539 г., когда португальский полководец Жуан ди Каштру снаряжал экспедицию в Красное море, он столкнулся с тем, что никто из португальских лоцманов не был знаком с Баб-эль-Мандебским проливом и даже не имел надежных лоций этого района. Ему пришлось положиться на «арабских, гуджаратских и малабарских лоцманов», у которых были свои карты этого места.

Понятно, что португальцы господствовали в морях, находившихся в непосредственной близости от их главных баз – Гоа, Диу, Ормуза, Малакки и Мозамбика. Но, несмотря на это, владычество их на море имело доставшуюся по наследству непрочную основу, что показал оглушительный успех набега двух слабых турецких флотилий в 1551–1552 и в 1585–1586 гг. В первом случае турецкий адмирал Пири Рейс, выйдя с 23 галерами из Красного моря, сначала разграбил Маскат, а затем осаждал в течение нескольких недель португальскую крепость в Ормузе, несмотря на то что его силы, по сохранившимся сообщениям, были значительно меньшими, чем у осажденных. Во втором случае авантюрист по имени Мир Али-бей всего с одним кораблем, имевшим несколько орудий, изгнал португальцев со всего побережья суахили, за исключением Малинди, захватив 20 португальских судов и большое количество различной добычи. В противоположной части Индийского океана яванский и ачехский флоты часто устраивали блокаду Малакки. Малайцам на гребных судах иногда сопутствовал успех в сражениях с португальцами в узких реках и эстуариях, поскольку каракки и галеоны не имели места для маневра и не всегда могли поймать ветер в паруса. Даже почти на расстоянии пушечного выстрела от фортов Гоа мусульмане-мопла, корсары Малабарского берега, наносили значительный урон португальской торговле в прибрежных водах, перехватывая конвои из небольших судов, груженных рисом и продуктами питания для колониальной столицы.