Во время этих событий Австрия оставалась нейтральной, частично из-за истощения средств, частично из-за отсутствия ясных решений в Вене. Катастрофа вызвала в столице жаркие дебаты, которые неизбежно сопровождались глубокими переменами во внешнеполитических связях страны. Внешне дебаты велись вокруг поддержки Штадионом идеи вооруженного вмешательства в северную войну и предложения эрцгерцога Карла сохранять полный нейтралитет. По сути же дебаты выражали противоречия между сторонниками ориентации на Францию и сторонниками ориентации на Россию, которые в то время вызывали смутную тревогу. Выступая за вооруженное вмешательство, Штадион в действительности собирался помочь двум восточным державам освободить Германию. С другой стороны, Карл, командующий армией и председатель Военного совета двора, опасался русской агрессии на Балканах. По его мнению, три восточные державы в любом случае не могли бы сотрудничать в Германии достаточно долго, даже если бы добились победы над Наполеоном.

Со времени роспуска рейха Карл стал, как и большинство других генералов, «австрийцем до мозга костей», если воспользоваться популярным тогда выражением. Пресечение связей с рейхом освободило генерала от многих обязательств, правда, и от набора рекрутов для австрийской армии. Карл не принадлежал к франкофилам, но он считал, что постоянная угроза исходит от России, в то время как французское преобладание носит временный характер и обречено на исчезновение после смерти Бонапарта. Между тем наилучшей политикой Австрии была экономия ресурсов и реформа армии, чтобы выждать время для выступления в качестве преобладающей силы, независимо от других держав. Карл считал бессмысленным оспаривать господство Бонапарта прежде, чем Австрия не будет уверена, что именно она, а не северные державы будет определять восстановление Германии.

Сомнения Карла на этот счет вскоре подтвердились. В апреле 1807 года Россия и Пруссия подписали конвенцию, в которой провозглашались их военные цели. Подчеркивая, что восстановление рейха было бы «опасной ошибкой», они декларировали свое намерение создать «конституционную федерацию» государств под руководством Австрии и Пруссии, каждая из которых будет действовать «в рамках ограничений, установленных соглашением». Это означало раздел Германии между Пруссией и Австрией. То, что Хаугвиц пытался добиться при помощи Франции, новый министр иностранных дел Харденберг рассчитывал получить, опираясь на Россию. С этого времени антипрусские настроения в Вене приобрели двойственный характер. Это была традиционная антипатия к Пруссии как к сопернику в Германии, а также настороженность к этой стране как инструменту русского влияния в Германии.

По этой причине программа Бартенштайна только укрепляла решимость Австрии оставаться нейтральной и таким образом проложила путь к победе Наполеона при Фридланде и последующему Тильзитскому миру. Вместо приобретения гегемонии в Северной Германии Пруссия превратилась во второразрядное государство со 42-тысячной армией, равной по численности баварской. Ее территория к западу от Эльбы стала оплотом совершенно нового государства, королевства Вестфалии, в котором правил брат Наполеона Жером, в то время как ее польские земли, включая Западную Пруссию, отошли к Великому герцогству Варшавскому, присоединившемуся к Рейнскому союзу через родственные связи с королем Саксонии. Снова возродилось Польское государство, представлявшее постоянную угрозу участникам раздела Польши как в военном отношении, так и в смысле взрывного характера польского национализма. По другим статьям Тильзитского мира Данциг превращался в свободный город, содержавший за свой счет французский гарнизон. Пруссия была принуждена терпеть иностранную оккупацию до тех пор, пока не выплатит контрибуцию в 120 миллионов франков. Для Гогенцоллернов это был действительно катастрофический мир. Он мог быть еще хуже, если бы Наполеон не пожелал сделать несколько уступок «в пику его величеству, императору всех русских» – издевательская фраза, на включении которой в текст договора настоял Наполеон.