Каждая отрасль процессуального права имеет свои цели, принципы и задачи, не всегда совпадающие с целями, принципами и задачами иных процессуальных отраслей. Нормы же о подведомственности характеризуются общностью своей целевой направленности – обеспечением четкого и равномерного распределения дел между всеми юрисдикционными органами. Такая цель может быть достигнута только путем издания норм, хоть и разной отраслевой принадлежности, но строго согласованных между собой, «действующих как части единого распределительного механизма».[81] Разграничение компетенции различных юрисдикционных органов должно основываться на общих, единых принципах, должно быть объединено общей основополагающей идеей, на которой и строится это разграничение.

Не случайно в науке была высказана мысль, что в отличие от большинства иных институтов процессуального права, институт подведомственности только и мыслим как межотраслевой институт.[82]

По мнению И. Г. Побирченко, межотраслевой институт подведомственности составляет нормы, регулирующие подведомственность дел соответствующим органам. В то же время он отмечает, что этот институт в нормотворческих, практических, учебных и научных целях подразделяется на институты, соответствующие определенным категориям дел, отнесенным на разрешение различных органов.[83]

Однако именно на межотраслевой характер института подведомственности, в первую очередь должно обращаться внимание как при работе по совершенствованию законодательства, так и в правореализационной практике. Устранение существующих проблем подведомственности юридических дел невозможно путем обращения к нормам, относящимся лишь к какой-либо одной отрасли процессуального права. Недостатки правового регулирования института подведомственности могут быть исправлены только при комплексном подходе к данному институту с учетом требований всех процессуальных отраслей права. В противном случае возможно возникновение коллизий, связанных с несогласованностью норм, регулирующих распределение юридических дел между различными органами юрисдикционной системы.

В качестве примера проявления такой несогласованности можно привести произведенные принятием Конституции РФ и ФКЗ «О Конституционном Суде РФ» изменения в подведомственности дел Конституционному Суду РФ. В результате этих изменений из предмета ведения Конституционного Суда РФ были изъяты дела об обжаловании гражданами и юридическими лицами нормативных актов Президента РФ, Совета Федерации, Государственной Думы или Правительства РФ. Однако ввиду того, что принятие ФКЗ «О Конституционном Суде РФ» происходило без внесения соответствующих изменений в ГПК и в АПК 1995 г., данная категория дел оказалась в тот период также не включенной ни в подведомственность судов общей юрисдикции, ни в подведомственность арбитражных судов.[84]

Четкое и эффективное функционирование всех органов, уполномоченных на разрешение юридических дел, возможно лишь в условиях взаимосвязанного, согласованного нормативного регулирования института подведомственности во всех отраслях процессуального права. Изменение подведомственности дел одним органам не должно происходить без соответствующего одновременного изменения подведомственности дел другим органам. В противном случае будут созданы предпосылки для возникновения между различными юрисдикционными органами споров о подведомственности, что может повлечь негативные последствия как для органов, вовлеченных в конфликт, так и для всей юрисдикционной системы государства в целом. Помимо этого, станет возможным отказ в судебной защите заинтересованному лицу из-за неподведомственности дела судам различных подсистем.