По смерти отца Гавриила настоятелем скита был избран иеромонах Максим, помогавший до этого предыдущему настоятелю в делах по управлению обителью. При отце Максиме, возведённом в сан архимандрита весной 1902 года, число монашествующих в 1906 году увеличилось до 500 человек, по большей части из Малороссии, поэтому он имел собственное национальное своеобразие, в связи с чем иногда именовался «Ильинский малороссийский скит». В 1899 году, предварительно собрав во время поездки в Россию необходимые для того средства, он начинает перестройку соборного храма.

Ильинский скит

Сооружение собора было делом нелёгким, понеже надо было сначала расчистить место, положить новые прочные фундаменты, докопавшись до твёрдого грунта. Однако все трудности были преодолены, и в 1900 году, в июне, в присутствии многочисленного духовенства и гостей от имени великой княгини Александры Петровны состоялась торжественная закладка нового, огромного по тем временам, величественного храма. Монахи приложили немало стараний, если учесть, что большинство работ делалось вручную. Камни и мрамор для строительства приходилось доставлять с помощью ручных тележек через глубокий овраг.

Новый собор является одним из самых значительных афонских храмов. Он второй по величине на Святой Горе после кафоликона Андреевского скита. Собор имеет в длину 54 метра и 48 в ширину. Высота его от пола до главного купола равняется 36 метрам. Построенный в ярко выраженном русско-византийском стиле, имеющий в плане форму креста, он символизирует связь русского православия с Византией, с греческим святоотеческим учением – то, к чему как раз и стремился преподобный Паисий Величковский.

Сложен он целиком из дикого камня, очень прочного, снаружи чеканной работы, а своды выведены из бетона. Собор украшен семью позлащёнными главами, с шариками разных цветов, над каждой главой возвышается медный крест. Всё строение укреплено железными балками и сводами, чтобы предохранить его от возможных землетрясений и разрушения временем. Портик и колонки устроены из местного серого мрамора. В соборе установлен монументальный резной иконостас, изготовленный в Москве, состоящий из четырёх ярусов. Иконы поздней работы, большие по размеру. Освящение соборного Храма состоялось в июне 1914 года накануне начала Первой мiровой войны.

Отец Гавриил, однако, не ограничился постройкой собора, была также выстроена больница. Начавшаяся война, а особенно последовавшие за ней в России Февральская революция и Октябрьский переворот, очень отразились на состоянии скита. Хотя юридически иноки скита были автоматически приняты в греческое подданство и получили охрану и опеку христианского православного государства, этот послевоенный период можно отнести к одной из печальных страниц всей истории скита. Почти совершенно прекратился приток паломников. До этого в скиту проживали монахи преимущественно из Малороссии. Когда великороссы (россияне) и малороссы (українцы) выясняют отношения, в выигрыше оказывается «третья сила». Яркий тому пример – Ильинский скит на Афоне. Щедрые пожертвования прекратились, поскольку средства поступали именно из России. Большие и благоустроенные подворья в Таганроге, Одессе и Новониколаевке были конфискованы большевиками и разрушены. В наши дни богослужение совершается только в Храме Ильинского подворья в Одессе.

Греческие власти, опасаясь проникновения на Афон атеистов, прекратили всякий доступ иноков русского происхождения на Афон до конца 1954 года. В результате этого скит почти 40 лет не получал ниоткуда пополнения, и братия от общего количества более 500 монахов в 1914-м уменьшилась в 1961 году до десяти. К концу XX века в скиту проживало всего четверо монахов, принадлежащих к Русской православной зарубежной церкви, и так же, как остальные «негреческие» монастыри, Ильинский скит пришёл в полный упадок. Ко всем напастям прошлого века скитники объявили себя зилотами, ревнителями и отказались поминать патриархов, обвинив их в масонстве, а также в вероотступничестве, главным образом из-за введения новоюлианского календарного стиля.