Уже в 1846 году был построен большой двухэтажный корпус, где были устроены пекарня, кухня, приемные покои для гостей и 18 келий. В 1847 году выстроен ещё один корпус для канцелярии и десять монашеских келий. Была выстроена каменная ограда, ещё один двухэтажный корпус с колокольней вышиною в 23 метра. Заложены две новые церкви во имя святого Николая Чудотворца и Архистратига Михаила, выстроена больничная палата и кельи для дряхлых монахов. Одновременно была проделана огромная работа по расчистке земли под огороды и виноградники, засадку садов и других деревьев. Скит превратился в огромную благолепную и цветущую обитель, кое в чём даже превосходя старые афонские монастыри.

За свои заслуги отец Паисий был возведен 3 августа 1868 года в сан архимандрита.

Долголетние труды и заботы подорвали его здоровье. С начала 1871 года он обрёл немощь и в воскресение 5 сентября преставился на вечный покой. Редко можно было встретить в одном человеке столько добродетелей, как в лице отца Паисия II, настоятеля Ильинского скита и, по большому счёту, его основного строителя. Горячая вера, любовь к Богу, доверие и простота в отношении к людям, высокие хозяйственные качества сделали его одним из известнейших людей на Афоне. А за его тридцатилетнее управление скит стал известен далеко за пределами Афона. Ещё при жизни он был порадован многими знамениями и даром прозорливости.

После кончины отца Паисия II Ильинский скит представлял из себя уже благоустроенную и благоукрашенную обитель, а сохранив тесное общение с Россией, с годами паки и паки рос и процветал. Новым настоятелем был избран вначале иеромонах Киево-Печерской Лавры Гервасий, позднее иеромонах Андрей и по кончине последнего – иеромонах Ахтырского монастыря Харьковской губернии отец Товия. При них был построен новый корпус за пределами скита для новых иноков и трудников, а также начались работы по перестройке главного собора, который обветшал в силу бывшего на Афоне землетрясения и, благодаря значительному увеличению монастырской братии, нуждался в расширении.

Однако главным строителем этого нового собора был уже архимандрит Гавриил, сменивший ушедшего на покой в свой ахтырский монастырь отца Товию. Новый настоятель был уроженцем Киевской губернии и происходил из бедной крестьянской семьи. Во время посещения Киева он почувствовал влечение к монашеству и поступил в число братии Феофановой пустыни возле Киева. Во время путешествия по святым местам он остановился на Афоне.

Ильинский скит приглянулся ему паче всего, в нём он и остался до конца своей жизни. В 1887 году братия скита избирает отца Гавриила настоятелем, а в 1891 году он был возведён константинопольским патриархом в сан архимандрита. Преодолев немало препятствий, новый настоятель заканчивает постройку ещё одного большого корпуса для братии. Им было также выстроено огромное подворье Ильинского скита в Одессе и при нём трёхпрестольный храм Илии Пророка. Созданы и расширены подворья скита в Таганроге и станице Новониколаевке в области Войска Донского, подворье в Константинополе. Также отстроены помещения со всеми удобствами для паломников, едущих из Одессы к святым местам – в Палестину и на Афон. Скиту принадлежали обширные сельскохозяйственные угодья и рыбная ловля на Дунае. В самом скиту отстроен ещё один новый корпус для братии, сооружены две цистерны для запаса воды, выстроены новые стены на виноградниках и огородах.

К сожалению, все эти заботы подорвали слабое здоровье отца Гавриила, и в октябре 1901 года архимандрит Гавриил скончался во время пребывания в станице Новониколаевской и был похоронен в Храме Ильинского подворья в Одессе.