Вскоре положение Церкви в Советском Союзе осложнилось, и Москва более не проявляла инициативы по поводу возвращения. И все же вопрос не был полностью снят. В середине пятидесятых годов он снова возник, но теперь уже в новой связи.

Среди монахов постоянно обсуждалось положение в Русской Православной Церкви. К размышлениям побуждала настойчивая пропаганда Русской Зарубежной Церкви. Так называемая Синодальная Церковь, промонархически настроенная, враждебно относилась к Православной Церкви, действующей в Советском Союзе, обвиняя ее в сотрудничестве с коммунистическим режимом. Синодальная Церковь имела несколько журналов, издавала различную литературу. У нее была возможность отстаивать свою позицию в западных средствах массовой информации.

До отца Иоанна тоже доходили резкие отповеди зарубежников, адресованные Московской Патриархии. Старец старался оградить Русскую Православную Церковь от этих обвинений. Он призывал понять ее, а не осуждать. Эту болезненную для него тему он затрагивает в нескольких письмах 1954 года.

«Как же не признавать правительство, когда они там живут. Когда евреи были в плену у язычников, в Законе Божием сказано было, чтобы они молились за правительство страны… Совершенное Православие только и осталось в Русской Церкви. Святейший Патриарх Алексий строго следит за службами и требует все службы по Уставу исполнять. Я хорошо знаю, в других Церквах Православных дольше бывает панихида, чем отпевание. Ах, заграничные иерархи! Бревна в своем глазу не видите, просто не хотите видеть, а сучки в глазу страждущей Церкви увидели» (28.08.1954).

Григорий (Чуков), митрополит Ленинградский и Новгородский

И продолжает о Русской Церкви: «Из Финляндии одна дама ездила в Россию, говорит: „Была в церкви, народу много и усердно молятся. К стыду моему, я плохо изображала крестное знамение, рядом стоящая женщина сказала мне: ‘Ты неправославная, что ли, так плохо крестишься?’ – мне было стыдновато“» (28.08.1954).

Старцу очень понравился русский православный календарь, где были помещены фотографии иерархов Церкви. Отец Иоанн пишет Елене Акселевне: «Посылаю два календаря. Вот сколько там иерархов! Все с бородами!» (24.04.1953).

Возможность возвращения братий Нового Валаама в Россию снова стала рассматриваться в начале пятидесятых годов. Правда, теперь уже речь шла не о Старом Валааме, а просто о возвращении на Родину, в Россию.

Присоединение монастыря к Русской Православной Церкви влекло за собой определенного рода трудности в отношениях с представителями Финляндской Православной Церкви, отделившейся от Московской Патриархии и перешедшей в юрисдикцию Константинопольской Патриархии.

Только в 1957 году отношения стали налаживаться. Русская Православная Церковь учредила особую кафедру епископа для эмигрантских приходов и монастырей Московской Патриархии, действующих в Финляндии. Эту кафедру занял преосвященный Михаил, епископ Лужский. Приезжал он довольно часто, и руководству Финляндской Церкви, конечно же, не нравилось, что в монастырях Финляндии в качестве хозяина выступает епископ чужой Церкви. Кроме того, время было послевоенное, и отношение к враждебному еще недавно государству было, естественно, прохладным. Монастырские же братия принимали владыку Михаила тепло.

«Владыка служил всенощное бдение. Сослужили шесть иеромонахов и три иеродиакона. За литургией сказал речь о Страшном суде Господнем. Не скажу, что говорил ораторски. В конце молебна передал от Патриарха Алексия икону Божией Матери для всей братии монастыря.

…На вечерне акафист читали собором – епископ и четыре иеромонаха. После акафиста прикладывались к патриаршей иконе. Ужин был у отца игумена, присутствовали владыка и соборные. За ужином разговор был пустячный. У епископа нет способности занимать разговором. После ужина владыка пригласил меня к себе на беседу. Просидел я у него полтора часа. Разговор был разный. Говорил он о своем трудном положении, о поездке сюда, в Финляндию, об общинах… Духовных опытов у него нет. Во внутренней жизни мало понимает. Коснулся своей проповеди к нам. Я сказал: „Говорил хорошо“. Поблагодарил меня за беседу. Остался доволен. К отцу Михаилу тоже сходил поговорить. Летом тот был у владыки и понравился ему.