12 августа 1999 г. Зубков был зарегистрирован кандидатом на пост главы администрации Ленинградской области. Избирательной кампанией В. Зубкова руководил Борис Грызлов, будущий министр внутренних дел и спикер Государственной Думы. На выборах 19 сентября 1999 г. Зубков занял четвертое место из 16-ти, набрав 8,64 % голосов (губернатором был избран Валерий Сердюков – однофамилец, но не родственник будущего министра обороны – собравший 30,30% голосов).

В 2000 г. Зубков стал членом Санкт-Петербургской инициативной группы (Сергея Миронова и Владимира Литвиненко) за избрание президентом Путина, «доверенным лицом кандидата Путина».

5 ноября 2001 г. был назначен первым заместителем министра финансов – главой Комитета по финансовому мониторингу. Комитет Зубкова, которому была поставлена цель бороться с отмыванием денег, получил неофициальное название «финансовой разведки».

С июля 2004 г. Зубков – заместитель руководителя Межведомственной рабочей группы по разработке концепции национальной стратегии противодействия легализации преступных доходов. С июня 2006 г. – член правительственной комиссии по противодействию злоупотреблению наркотическими средствами и их незаконному обороту. Наконец, перед самым началом предвыборной кампании по выборам в Государственную Думу в 2007 году В. Зубков назначается премьер-министром предвыборного правительства. В нынешнем правительстве В. Путина является Первым заместителем премьер-министра, курирующим вопросы сельского хозяйства…

На берегу озера Комсомольское Путин так проникся строительством резиденций, что всерьез занялся улучшением своего быта, когда стал президентом России. От Ельцина Путин «унаследовал» двенадцать президентских резиденций и пансионатов: «Ново-Огарево» (Московская область), «Ватутинки» (Московская область), «Русь» (Завидово, Тверская область), «Горки-9» (Московская область), «Валдай» (Новгородская область), «Бочаров ручей» (Сочи, Краснодарский край), «АБЦ» (Москва) «Шуйская Чупа» (Карелия), «Волжский утес» (Самарская область), «Сосны» (Красноярский край), «Ангарские хутора» (Иркутская область), «Тантал» (Саратовская область). В марте 2001 года Управление делами президента обратилось в Министерство экономики и финансов за согласованием «программы реконструкции президентского пансионата «Ватутинки». Программа предусматривала, в том числе, закупку нескольких джакузи, стоимостью 27 млн. долларов.

В дополнение к ельцинским резиденциям в 2001 г. было принято решение перевести в разряд резиденций президента исторический Константиновский дворец в Стрельне под Петербургом, который с этой целью предстояло перестроить. Стоимость проекта оценивалась в сумму от 50 до 150 млн. долларов.

В начале 2003 г. Путин распорядился о переводе здания НИИ растениеводства имени Николая Вавилова, расположенного на Исаакиевской площади Санкт-Петербурга, в ведение управления делами президента с целью использования его в качестве резиденции, поскольку Стрельня находится слишком далеко от центра города.

29 апреля 2003 г. на Московском судоремонтном заводе была спущена на воду моторная яхта «Паллада» стоимостью около 4 млн. долларов, предназначенная для морских выездов президента. Ранее Путиным использовался находящийся на балансе Морского речного пароходства теплоход «Россия» (модернизированный в 1994 г. для Ельцина в Финляндии), а также теплоход «Кавказ», формально находящийся в ведении Федеральной погранслужбы…

Но все это было потом. А пока оставшийся без работы после поражения Собчака Путин решил перейти в фирму «Ленфинторг» на должность генерального директора – это место давно было забронировано для Путина как «запасной аэродром». Но тут неожиданно последовал вызов в Москву, где его ожидала головокружительная карьера: от рядового клерка в окружении президента Б. Ельцина ему предстояло подняться за три с небольшим года до самой вершины властного Олимпа – до и. о. президента Российской Федерации.