Эти условия соединял в себе, в то время, сильный, богатый и честолюбивый орден Иезуитов. Залуский надеялся, что если библиотека перейдет в их руки, то от них никто уже ее не вырвет. Но, предоставляя библиотеку заведованию Иезуитов, он, чтобы не допустить вывоза ее в другие страны и не ограничить ее употребления одним немногочисленным кругом членов ордена, управление ею вверил не ордену вообще, а высшему варшавскому коллегиуму, чем, так сказать, приковал ее к месту, и в виде обязательного условия передачи предписал, чтобы во все будние дни библиотека была открыта безвозмездно каждому желающему и чтобы четверо из ученейших членов иезуитского коллегиума неотлучно находились при ней, для службы публике.

На сих основаниях Залуский, завещав в 1761 году свою библиотеку польскому народу, определил ей оставаться, на вечные времена (sempiterno jure), в заведовании и управлении упомянутого коллегиума. Судьбе, однако, не было угодно допустить совершения такого вечного завета. Папская булла 1773 г. сразила орден Иезуитов в Польше, завещатель пережил чаемых своих наследников, и библиотека осталась опять на его руках, без всякого ограждения ее целости в будущем.

Спустя год после того, умер сам Залуский, и тотчас с его смертью возникли на библиотеку разные притязания. Некоторые монастыри стали домогаться возвращения книг и рукописей, которые были у них взяты покойным пастырем, а родственники – уплаты сделанных у них, для обогащения библиотеки, займов. Требования их, независимо от посторонних исков, восходивших до 3.000.000 злотых, простирались тоже почти до полумиллиона. Польское правительство успокоило монастыри раздачею им находившихся в библиотеке дублетов, но не так легко было кончить дело с родными покойного. Притязания их продолжались целые шесть лет и только в 1780 году, когда сейм придумал выразить всему роду Залуских, от имени польской нации, торжественную хвалу и благодарность за принесенные ими отечеству пожертвования, Залуские, выслушав эту признательность, отказались от своих требований.

Между тем высшее заведывание библиотекою, обратившеюся уже в собственность нации, было вверено эдукационной комиссии, которая состояла из первенствующих тогда в Польше лиц; непосредственным же начальником или префектом библиотеки был оставлен прежний библиотекарь Залуских, известный в истории литературы каноник Иван Яноцкий, а после его смерти, в 1786 году, назначен экс-Иезуит Козминский. Но внутренние смуты, которые продолжали раздирать умиравшее уже два века польское королевство, и отсутствие всякого постоянства и единства в правительственных распоряжениях, не могли не отозваться и в этом деле: библиотека, почти без всяких денежных способов и без надлежащего охранения, предоставлялась и действию стихий, против чего не было принимаемо никаких мер, и частным хищничествам, в которых, вопреки булле главы римско-католической церкви, участвовали даже польские магнаты; с другой же стороны недостаток ремонтных средств побуждал иногда самих библиотекарей прибегать к непонятному теперь истреблению вверенных им сокровищ: так, например, когда в книгах завелось огромное количество насекомых, то, чтобы остановить дальнейшее их распространение, целые ряды томов, подвергшихся порче, были частью сожжены, частью зарыты в землю.

Наконец, в 1793 году, сейм назначил попечителем библиотеки, в честь основателя ее, одного из членов рода Залуских, но с тем вместе определил, остававшийся еще небольшой капитал библиотеки обратить, в числе прочих сумм эдукационной комиссии, на другие государственные нужды. Это посягательство на собственность библиотеки было отвращено только влиянием русского правительства. Два известные польские астронома, Почобут и Снядецкий, встревоженные таким распоряжением, решились умолять русского в Варшаве посланника Сиверса заступиться, во имя просвещения, за библиотеку. Сиверс уважил их просьбу: он принял библиотеку Залуских в свое покровительство и с тех пор, но, к сожалению, уже слишком поздно, никто в Польше не смел более посягать на это книгохранилище и его средства.