Тем не менее, 19 апреля 1831 года «за ревностное и многодеятельное служение в Архипастырском сане, достойно носимом, и притом многие похвальные подвиги и труды на пользу Церкви и Государства, постоянно оказываемые, Всемилостивейше сопричислен к ордену Св. Ап. Андрея Первозванного».

В августе 1837 года – в день 25-летия Бородинского сражения участвовал в торжественной закладке грандиозного Храма Христа Спасителя, а позднее активно содействовал его возведению.

26 марта 1839 года сопричислен к ордену Св. Равноапостольного князя Владимира первой степени Большого креста.

3 апреля 1849 года «за неусыпные попечения о вверенной Епархии, при многолетней опытности и назидательном проповедании слова истины, которые являют просвещенно-ревностного Пастыря стада Христова, и уважая сии отличные достоинства и неутомимо совершаемые в пользу Православной Церкви и Отечества подвиги, Всемилостивейше пожалован алмазными знаками ордена Св. Андрея Первозванного».

Освятил десятки московских храмов, построенных и реконструированных по его благословению, в том числе 18 октября 1853 года – храм Богоявления в Елохове.

26 августа 1856 года совершил священное коронование Александра II.

В конце 1850-х, когда в повестку государственных дел был поставлен вопрос о крестьянской реформе, был против отмены крепостного права; император Александр Николаевич, тем не менее, настоял на том, чтобы окончательная редакция Высочайшего Манифеста 19 февраля 1861 года была выработана им, чему он был вынужден подчиниться, значительно сократив прежнюю редакцию текста и изъяв из него ряд эмоционально-радостных оборотов.

5 августа 1867 года, в день 50-летия служения в епископском сане, Высочайшим рескриптом за многолетнюю просветительскую, благотворительную и пастырскую деятельность митрополиту Филарету предоставлено право, по киевскому обычаю, «предношения креста в священнослужении, ношение креста на митре и двух панагий на персях. При сем Всемилостивейше пожалована украшенная драгоценными каменьями панагия на бриллиантовой цепочке с изображением на оборотной стороне вензелей Его Величества и двоих предшественников Его, при которых проходил свое служение, и с надписью вокруг нее: «Преосвященному Митрополиту Филарету, в память пятидесятилетнего служения Церкви и Отечеству, 5-го Августа 1817 – 5 Августа 1867, в царствование Александра I, Николая I и Александра II»; а в вознаграждение заслуг собственно государственных пожалованы портреты императора Александра II и двух его предшественников, соединенные вместе, осыпанные бриллиантами и украшенные Большой императорской короной.

Митрополит Филарет любил монастырский уклад жизни и строгое уставное богослужение. За время управления Московской епархией с его благословения и при неустанном попечении были основаны несколько новых монастырей.

Последним с благословения и по ходатайству святителя Филарета к императору был организован и открыт Московский Никольский мужской единоверческий монастырь – первый в Московской епархии мужской единоверческий монастырь. Торжественное открытие состоялось 16 мая 1866 года, но сам святитель по болезни присутствовать на открытии не смог.

Попечению об устройстве этого монастыря святитель посвятил последние месяцы своей жизни. Святитель прилагал немалые заботы об обращении старообрядцев из раскола к православию.

С благословения святителя Филарета в Московской епархии открыты три православных монастыря в местах расселения старообрядцев – Никольский мужской единоверческий монастырь[20], Всехсвятский женский единоверческий монастырь и еще ранее Спасо-Преображенский Гуслицкий мужской монастырь, но в нем, несмотря на желание святителя, так и не удалось ввести единоверческое правило и устав.