16 ноября 1808 года в Трапезной церкви Троице-Сергиевой лавры наместником Лавры архимандритом Симеоном был пострижен в монашество с именем Филарет, в честь праведного Филарета Милостивого.
21 ноября 1808 года митрополитом Платоном рукоположен во иеродиакона. В 1809 году, уже в сане иеродиакона, был переведен в Петербург; 28 марта того же года рукоположен во иеромонаха.
30 июня 1811 года «Всемилостивейше пожалован, за отличие в проповедывании Слова Божия» наперсным крестом с драгоценными камнями.
8 июля 1811 года возведен в сан архимандрита.
11 марта 1812 года определен ректором Санкт-Петербургской духовной академии и профессором Богословских наук; оставался в должности до 1819; радикально модернизировал программу преподаваемых дисциплин.
Свт. Филарет был близким помощником и союзником митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Амвросия (Подобедова) (см. Приложение, стр. 573), что вызывало недружелюбие другого влиятельного при царском дворе иерарха того времени – честолюбивого и светски образованного архиепископа Калужского (впоследствии Рязанского) Феофилакта (Русанова) (см. Приложение, стр. 575), домогавшегося столичной кафедры и бывшего с 29 ноября 1807 года членом новоучрежденного при Святейшем Синоде «Комитета о усовершении духовных училищ» (с 26 июня 1808 года «Комиссии духовных училищ»), который находился в фактическом ведении влиятельного реформатора М.М. Сперанского.
27 марта 1812 года определен настоятелем новгородского Юрьева монастыря; с марта 1816 года – московского Новоспасского монастыря – с оставлением при Академии.
Свт. Филарет (Дроздов)
Зимой 1816 года заболел его отец. Как рассказывал сам Филарет, «нечто неведомое» подало ему весть о смерти отца. Вскоре из Коломны пришло подтверждение: 18 января скончался протоиерей Михаил Дроздов[19]. Отец святителя был похоронен на Петропавловском кладбище Коломны.
23 июля 1817 года, по представлению митрополита Амвросия (Подобедова), ему было повелено быть епископом Ревельским, викарием Санкт-Петербургской епархии с оставлением за ним должности ректора Академии и управляющего Новоспасским монастырем.
5 августа 1817 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры митрополитом Амвросием (Подобедовым) был хиротонисан во епископа.
В марте 1819 года был назначен на Тверскую кафедру в сане архиепископа; тогда же стал членом Святейшего Синода. С 1842 года и до самой смерти, оставаясь синодальным членом, ввиду своей размолвки с обер-прокурором Н.А. Протасовым, не был вызываем для заседания в Синоде.
3 июля 1821 года был назначен на Московскую кафедру. Сыграл ключевую роль в совершении акта престолонаследия от Александра I к Николаю I. Послужной список Высокопреосвященнейшего Филарета гласит:
«По случаю восшествия <…> Императора Николая Павловича на прародительский престол, вследствие представления Его Величеству описания открытия хранившегося в Успенском соборе акта <…> Императора Александра Павловича, Всемилостивейше пожалован бриллиантовым крестом, для ношения на клобуке».
22 августа 1826 года в Москве участвовал в совершении чина Священного коронования императора Николая I; в тот же день был возведен в сан митрополита.
В 1828 году дал благословение на перестройку Коломенской церкви Михаила Архангела по проекту архитектора М.Ф. Шестакова. 2 сентября 1833 года им была освящена перестроенная теплая церковь преподобного Сергия в коломенском Старо-Голутвине монастыре.
Филарет имел непростые отношения с императором Николаем I, что было в основном обусловлено многочисленными донесениями императору, в которых московский святитель обвинялся в политической неблагонадежности. Одним из поводов для таких мнений дали два его слова, сказанные им в сентябре и начале октября 1830 года в Москве в условиях эпидемии холеры; проповеди говорили о прегрешениях ветхозаветного царя Давида, за которые Израилю были посланы испытания и кары, – в чем многие тогда усмотрели критику нового императора.