Этот проезд находится в промышленной зоне Рыбацкого. Современное название дано 23 февраля 1987 года. Оно связано с тем, что проезд идет вдоль Московской железнодорожной линии.

Между тем, это не первое наименование проезда. С начала 1980-х годов это был тупик Юннатов. Хотя официально такое имя проезду не присваивалось, оно бытовало достаточно широко и даже сейчас периодически встречается. Его возникновение связано с улицей Юннатов, продолжением которой и был тупик. Помимо современного Вагонного проезда, в него включались еще 3-й Рыбацкий проезд и безымянный проезд вдоль железной дороги от переезда в створе улицы Юннатов до станции Рыбацкое.

Сейчас Вагонный проезд проходит от 3-го Рыбацкого проезда на восток в тупик. По проекту он должен быть гораздо длиннее – начинаться от Окружной железнодорожной линии и идти до границы поселка Петро-Славянка.

Переулок идет от набережной Черной речки до Земледельческой улицы. Первоначально он был совсем коротким, доходя только до Чернореченского переулка (ныне Лисичанская улица), и с 1849 года именовался сначала Земледельческим, а затем – Нейшлотским, по городу Нейшлоту (ныне Савонлинна) в Финляндии. Многие проезды на Выборгской стороне в 1859 году получили названия по финским городам, но Нейшлотских переулка почему-то оказалось два. Поэтому, когда 16 апреля 1887 года по городам Финляндии называли еще несколько улиц и переулков близ Черной речки, тамошний Нейшлотский переулок переименовали еще раз – в Вазаский, по городу Ваза (сейчас его название произносится по-фински – Васа). Другой Нейшлотский переулок именуется так и сейчас.

В 1960-е годы в связи с закрытием участка Лисичанской улицы у Белоостровской Вазаский переулок был продлен на север и соединен с Земледельческой улицей.

Эта улица проходит на Крестовском острове от Петроградской до Депутатской улицы параллельно Константиновскому проспекту. На довольно большом участке между домами № 4 и 23 проезд и проход по ней в последнее время перекрыты. С 1893 года ее иногда включали в состав Петроградской улицы. В 1900 году появляется первое самостоятельное название – Сергиевский проспект, по имени одного из членов семьи владельцев Крестовского острова князей Белосельских-Белозерских Сергея Константиновича (1867–1951), в будущем генерал-лейтенанта.

В 1914 году проспект стал улицей. А 23 июля 1939 года, когда по случаю празднования Дня Военно-Морского Флота около десятка улиц Ленинграда получили названия в честь революционных матросов, Сергиевская стала улицей Вакуленчука, в честь Григория Никитича Вакуленчука (1877–1905), одного из руководителей восстания на броненосце «Потемкин», убитого офицером во время восстания.

Имя этой улице было присвоено еще 6 декабря 1976 года, но фактически она существует лишь с 1998 года, и то не полностью. Улица начинается от Зольной улицы севернее реки Оккервиль, но до улицы Ворошилова, как предполагалось по проекту, она пока не доходит. Как и наименования многих других улиц правобережной части Невского района, ее название дано в честь одного из деятелей революционного движения в России.

Анатолий Александрович Ванеев (1872–1899), студент Петербургского технологического института, был одним из создателей «Петербургского союза борьбы за освобождение рабочего класса» – прообраза Коммунистической партии. В 1895 году руководители Союза были арестованы и затем сосланы в Сибирь. Позже почти все они стали известными революционерами, но Ванеев не дожил до этого времени. В ссылке он умер от туберкулеза.