На заключительном этапе работ вскрыли погребение царицы Марии Милославской и царевны Татьяны Михайловны. В саркофаге царицы Марии (01.04.1624–03.03.1669) сохранились только небольшие кусочки шелковых савана и платья. В захоронении царевны Татьяны (05.01.1636–04.08.1706) исследователи увидели части савана и шелкового платья зеленого цвета, шелковые чулки и бархатные туфли. И у этой дочери царя Михаила Федоровича Романова на груди обнаружили небольшой резной деревянный крестик.

Иногда в царской усыпальнице находили последний приют представительницы знатных семей из окружения русских государей. В кремлевской обители закончила свои дни теща Ивана Грозного, мать первой русской царицы Анастасии Романовны боярыня Ульяна. Ее похоронили в стороне от царских могил, в северной части усыпальницы, наименее почетной по средневековым эсхатологическим представлениям. Если над могилами великих княгинь, цариц и царевен всегда сооружали высокий памятник с эпитафией (как в Архангельском соборе Кремля, что можно видеть и сегодня), то могилы менее почитаемых лиц обустраивали проще: в полу помещали горизонтально массивную плиту с надписью. На такие надгробия могли наступать ногами прихожане, что, естественно, не говорило о желании унизить память упокоенного здесь человека, ведь сам факт выбора места для упокоения в правительственной усыпальнице являлся большой честью для усопшего. Так была похоронена и боярыня Ульяна, на ее плите полностью стерлись две верхние строки эпитафии, местами пострадала и остальная часть надписи. Однако сегодня на этом надгробии, случай редкий и весьма интересный, можно прочесть надпись: «…великомученика Федора Стратилата преставися раба божия Романова жена Юрьевича Ульяна в иноцех инока скимница Настясья в первый час нощи». Из этой эпитафии видно, что при постриге боярыня взяла себе имя своей рано умершей дочери, которую пережила на 17 лет.

В престижнейшем некрополе государства князю Ивану Бельскому удалось захоронить своих детей: малолетнюю дочь Анну (1561) и сына Федора (1568). Князь Иван Дмитриевич Бельский, потомок литовского князя Ольгерда, был первым по знатности в составе Боярской думы, поэтому он смог похоронить своих детей в главной усыпальнице Кремля. В Вознесенском соборе захоронили княжну Евдокию, дочь князя Федора Ивановича Мстиславского, умершую младенцем в 1600 г. Известного воеводу царь Иван Грозный включил в состав регентского совета на случай своей смерти, когда в 1561 г. заболел и составил завещание.

Родовой усыпальницей бояр Романовых стал московский Новоспасский монастырь.

Монастырь был основан в XIII в. святым благоверным князем Даниилом, сыном Александра Невского на месте, занимаемом теперь Даниловским монастырем. Сын князя Даниила Александровича Иван Калита, ставший великим князем в 1328 г., пожелал видеть вблизи своего дворца иноческую обитель и в 1330 г. перенес монастырь на Кремлевский Боровицкий холм к церкви Преображения Господня. Через год вместо деревянного был сооружен и торжественно освящен каменный храм Преображения Господня. В это же время сооружены и другие необходимые для монастыря здания. Спасский монастырь был местом постоянного богомолья великого князя и его семейства.