На это даются ссылки и в летописях. В «Постниковском летописце» говорится о событиях, последовавших за смертью Василия III: «Месяца декабря в 11 день, в четверг, после великого князя Васильевы смерти в осмы день поймали бояре великого князя Васильева брата князя Юрья Ивановича дмитровского на Москве и бояр его и диаков. И посадили князя Юрья в Набережную полату. И там и преставися, на мертвом и железа обтерли. И положиша его в Архангиле на площади на той стороне, где опальные князи кладутца».[150] Усыпальница Ивана Грозного и его сыновей, созданию которой сам царь уделял большое внимание, расположена в южном предалтарном пространстве собора, т. е. в юго-восточном углу.

Почитание предков становилось особенно важным культом в наследственных монархиях. Высокий статус Архангельского собора выражался и в возникновении особой архиепископии архангельской (1599–1765 гг.), ее архиереи совершали отпевания и панихиды по умершим царям, а также в обряде, существовавшем, по-видимому, в XVII в. – класть челобитные на имя царя на гробницы великих князей и царей. Таким образом, царственные предки, похороненные в соборе, признавались ходатаями за просителя перед царствующим государем. Этот обычай существовал до времен Петра I. Члены правящего дома считали долгом чести делать пожертвования в собор.

Посещали Архангельский собор и иностранцы, оставившие свои воспоминания о нем. Брауншвейгский резидент Вебер осматривал гробницы всех русских царей в церкви Михаила Архангела в марте 1716 г. Священник провел его в «отдаленную камеру», по выражению Вебера, к стороне позади алтаря, где стояли три каменных «гроба». В первом из них покоился царь Иван Васильевич, а в остальных – оба сына его. «Истинный Димитрий, убитый в 1591 году своим главным гофмейстером Борисом Годуновым, лежит в особом месте в этой церкви, гробница его стоит в колоннаде против алтаря, под другим небольшим приделом или алтарем в честь его, и русские чтут этого Димитрия почти как святого. Отец ныне царствующего государя Алексей Михайлович с двумя сыновьями своими Федором и Иваном Алексеевичами, которые оба царствовали, лежат почти посреди церкви, близко друг от друга, и три медные гроба их одеты великолепнейшими покровами. Бирюзовый камень, который царь носил на себе и который вделан здесь в крышку его гробницы, ценится особенно дорого по необычайной величине».[151]

По словам автора воспоминаний, остальные цари лежат длинным рядом вдоль стены, тесно один к одному, и гробы их также покрыты драгоценными покровами. Великие князья царской крови, не правившие царством, покоятся в особом месте, и гробы их – Вебер насчитал в церкви около 30 – менее великолепны. Все покровы на царских гробах раскладывались только в большие праздничные дни или для показа чужестранцам и никогда в другое время, «…работы они превосходной, по русскому образцу, самая основа их шелковая или бархатная, сверху на многих из них массивный золотой крест, а по краям каждого покрова обозначено имя покойника, вышитые или низанные русскими буквами из многих тысяч жемчужин и дорогих каменьев разного рода».[152]

В 1917 г. собор был поврежден при обстреле Кремля и в 1918 г. закрыт. В 1929 г. после сноса в Кремле Вознесенского монастыря, где находилась усыпальница цариц и великих княжон, в подклеть Архангельского собора перенесли их останки. С 1955 г. в Архангельском соборе работает музей. В 1970-х гг. проведена внешняя реставрация.