Из Дома Романовых в Архангельском соборе похоронены: первый царь династии Михаил Федорович (12.07.1596–12.07.1645), его сыновья – царь Алексей Михайлович (10.03.1629–30.01.1676), царевичи Иоанн (1.06.1633–10.01.1639) и Василий Михайловичи (14.03.1639–25.03.1639). Сыновья царя Алексея Михайловича и царицы Марии Ильиничны Милославской царевичи Димитрий (22.10.1648–16.10.1649), наследник престола Алексей (05.02.1654–17.01.1670) и Симеон Алексеевичи (03.04.1665–18.06.1669); цари Федор (30.05.1661–27.04.1682) и Иоанн Алексеевичи (27.08.1666–29.01.1696). Там же был похоронен сын царя Федора Алексеевича и царицы Агафьи Семеновны Грушецкой царевич Илья (11.07.1681–21.07.1681). Из трех сыновей, рожденных царем Петром I и его первой женой Евдокией Лопухиной, в Архангельском соборе похоронен царевич Александр Петрович (23.10.1691–14.05.1692).[147] Единственным императором, похороненным в Архангельском соборе, стал Петр II Алексеевич (12.10.1715–18.01.1730), умерший в Москве от оспы.

Убранство могил в соборе на протяжении лет менялось. В 1636–1637 гг. все древние надгробия заменили новыми, выложенными из кирпича, с резными белокаменными стенками. В начале XX в. надгробия покрыли остекленными бронзовыми футлярами.

К XVII в. складывается традиция закрывать надгробные памятники покровами, что, впрочем, характерно не только для захоронений светских, но и духовных деятелей. Самое раннее упоминание о покровах на гробницах великих князей и царей в Архангельском соборе принадлежит С. Маскевичу (1611 г.): «…здесь погребают царей, гробницы их не великолепны; при каждой из них находится изображение умершего, частию на стене, частию на самом гробе, вышитое по бархату…».[148]

В описании Архангельского собора, сделанном в 1789 г., указано 13 покровов на царских гробницах, самый ранний из них был положен на гробницу царя Федора Иоанновича. Стилистика надписи на нем говорит о его происхождении во второй половине XVII в. На гробнице князя М. В. Скопина-Шуйского лежал покров без надписи. Свидетельство С. Маскевича позволяет предположить, что покровы были положены на гробницы тех царей, чьи изображения отсутствуют на стенах собора, например Ивана Грозного, Федора Иоанновича и, возможно, царевича Иоанна Иоанновича. Во всяком случае мемориальные портреты – парсуны – ставились при гробницах царей, не изображенных на стенах собора. Известны парсуны царя Федора Иоанновича, князя М. В. Скопина-Шуйского, царей Михаила Федоровича, Алексея Михайловича, написанные в 1677 г., а также царя Федора Алексеевича. Тесная связь иконографии царских парсун с иконами, ставившимися при гробницах святых, очевидна.

Перенесение из Углича в 1606 г. останков канонизированного царевича Димитрия стало важной политической акцией царя Василия Шуйского, направленной против постоянно возникавших под именем убиенного сына Ивана Грозного претендентов на русский престол. Над погребением святого царевича в Архангельском соборе была возведена белокаменная резная сень и красивая литая бронзовая решетка, на серебряной раке надгробия – чеканное изображение царевича.

Некрополь великих и удельных князей московского дома и царей в Архангельском соборе формировался по четкой топографической схеме, связанной с сакральной топографией храма и мира. В православной традиции стороной спасения считается восток, с чем связана ориентация и алтаря, и христианского погребения – покойник лежит ногами к алтарю, чтобы «смотреть» на восток. Сходное значение придавалось и югу. Вероятно, при перестройке Архангельского собора в 1507 г. была заложена определенная схема расположения гробниц, выявленная Е. С. Сизовым: