В такой политической ситуации П.А. Столыпин решил поступать в Императорский Санкт-Петербургский университет, который был основан 28 января 1724 г. Петром I в составе Академии наук (в историографии для этого периода закрепилось название «Академический университет»). В конце XVIII – начале XIX вв. он претерпевал различные организационные и структурные изменения, с 1804 г. существовал под именем Педагогического, а с 1816 г. – Главного Педагогического института. 8 февраля 1819 г. по инициативе попечителя Санкт-Петербургского учебного округа С.С. Уварова был возрожден под именем Санкт-Петербургского университета в системе Министерства народного просвещения. Возрожденный университет унаследовал от института все: профессоров и студентов, структуру факультетов, объемы и программы преподавания, помещения, библиотеку и учебные кабинеты128.

С 1860-х гг. происходил бурный рост естествознания в России. Физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета во второй половине XIX в. стал одним из крупнейших в стране центров естествознания, что, естественно, привлекало к нему молодых людей. Интересно отметить, что в период действия устава 1863 г., за исключением ректорства юриста П.Г. Редкина в 1873–1876 гг., все ректоры были представителями физико-математического факультета: физик Э.Х. Ленц (1863–1865), химик А.А. Воскресенский (1865–1867), зоолог К.Ф. Кесслер (1867–1873), ботаник А.Н. Бекетов (1876–1883). По уставу 1863 г. факультет, сохраняя разделение на два отделения (естественное и математическое), состоял из 12 кафедр: чистой математики, механики аналитической и практической, астрономии и геодезии, физики, химии опытной и теоретической, минералогии, физической географии, геогнозии и палеонтологии, ботаники, зоологии, технической химии, агрономической химии129.

Устав 1863 г. требовал от студентов жесткой учебной дисциплины, они должны были проходить курс по строгому учебному плану и сдавать экзамены в соответствии с этим планом. Плата за обучение оставалась прежней – 50 руб. в год, но университет имел возможность давать отсрочки и освобождать полностью или частично от уплаты за слушание лекций. Так, в 1868 г. 354 студента (более 30 %) были полностью освобождены от платы. В 1870-е гг. уже около 70 % студентов пользовалось различными льготами по плате за обучение. Многим студентам приходилось зарабатывать себе на хлеб, и они не могли регулярно посещать лекции. Зная это, университетское начальство сквозь пальцы смотрело на «незаконные» пропуски занятий студентами. Для облегчения материального положения студенчества все более развивалась система государственных, общественных и частных стипендий. В течение 1863–1869 гг. было учреждено 100 «императорских» стипендий, 12 стипендий Санкт-Петербургской городской Думы, 5 стипендий Кавказского Комитета и множество частных стипендий. Одним из наиболее крупных пожертвований стала сумма в 200 000 руб., переданная университету в 1880 г. известным меценатом, строителем железных дорог С.С. Поляковым для строительства общежития для студентов. Оно было открыто в 1882 г. под именем коллегии императора Александра II. Количество учащихся в университете неуклонно возрастало: если в 1869 г. было 944 студента и 126 вольнослушателей, то к 1 января 1884 г. число студентов доходило до 2246 человек130.

Университетский устав 1884 г. открыл эпоху контрреформ 80-х гг. XIX в., проводимых правительством Александра III. Уже современниками этот устав рассматривался как «выражение недоверия к добросовестности и благонадежности профессорских коллегий». Автономия университета фактически была ликвидирована. Университетский и факультетские советы в вопросах управления оказались настолько скованы, что не могли своей властью перенести лекции с одного часа на другой. Вся жизнь университета была подчинена мелочной опеке министра и попечителя учебного округа. Попечитель получал право созывать совет, правление и присутствовать на их заседаниях, назначать деканов, контролировать преподавание приват-доцентов. Замещение вакантных кафедр происходило или по утверждению министром избранника университета, или по его собственному усмотрению. По уставу ректор не избирался, а назначался министром, что иногда приводило к определенному антагонизму между советом университета и ректором, как и было в случае с первым «ректором по назначению» – М.И. Владиславлевым. Соединение, разделение и открытие новых кафедр, ранее решавшиеся факультетом с утверждения совета, теперь также утверждались министром. В ведении факультетского собрания оставались текущие учебные и научные дела: издание сочинений, выдача студентам выпускных свидетельств, медалей и почетных отзывов, рассмотрение отчетов преподавателей, выбор тем для ежегодных студенческих работ, испытания на ученые степени и т. д. Зато избрание новых профессоров теперь стало происходить на факультете, а не в совете университета. Но в решении всех учебных дел факультеты должны были руководствоваться инструкциями и правилами, разработанными министерством. Многие дела передавались в университетский совет, функции которого оказались весьма ограниченными. Самостоятельное решение принадлежало совету лишь при утверждении ученых степеней, при определении общего числа медалей, присуждаемых студентам и т. д. В итоге значительно укреплялась крайне бюрократизированная система, когда самые частные вопросы, например оставление при университете того или иного кандидата или допущение к чтению лекций приват-доцента, в конечном счете окончательно решались министром народного просвещения