При обыске бумаги нашли, Корнелиуса арестовали, но он успел положить в карман самое ценное – три луковички черного тюльпана. Бокстель этой же ночью забрался в сад, а затем и в дом, но луковичек не нашел. Бокстеля осенило, что ван Берле мог унести их с собой в тюрьму, и он пустился вдогонку за ван Берле в Гаагу.

Корнелиуса действительно приговаривают к смертной казни, а тот факт, что он занимался цветоводством, только добавляет серьезности обвинению: «Любовь к тюльпанам прекрасно уживается с политикой, и исторически доказано, что много очень зловредных людей садовничали так рьяно, как будто это было их единственным занятием, в то время как на самом деле они были заняты совсем другим». «То обстоятельство, что Корнелиус ван Берле занимался одновременно и тюльпанами, и политикой, доказывает, что натура у обвиняемого двойственная, двуличная, раз он способен одинаково увлекаться и цветоводством, и политикой, а это характеризует его как человека самого опасного для народного спокойствия».

Казнь должна быть совершена в тот же день, но Корнелиус каким-то чудом успевает передать луковички Розе, дочери тюремного смотрителя, и объяснить, в чем их ценность. А Бокстель уже в Гааге. За 100 флоринов он подкупает палача, и тот обещает отдать ему одежду казненного (Бокстель уверен, что луковички в карманах). Однако в последний момент смертная казнь заменена на пожизненное заключение. Корнелиус отправляется в тюрьму в отдаленном городе, вскоре вслед за ним приезжает Роза со своим отцом, который попадает в эту тюрьму «переводом». Между Корнелиусом и Розой вспыхивает любовь. Роза начинает приходить на свидания под окна камеры. Корнелиус учит безграмотную девушку читать и писать.

Бокстель не дремлет. Он знакомится с отцом Розы, под видом друга и под чужим именем проникает на территорию тюрьмы. И сначала кажется, что он интересуется самой Розой.

Наконец приходит пора сажать луковички. Одна посажена в камере в горшке, землю для которого принесла Роза. Две другие спрятаны у Розы. Одну луковицу решено высадить на грядку, которую приготовила Роза. Однажды тюремщик застает Корнелиуса с горшком – тот не услышал приближающихся шагов и не успел его спрятать, как он обычно делает. Тюремщик разбивает горшок и топчет тюльпан. Луковичек остается две. Бокстель проговаривается: он уверен, что их три! Этот разговор слышит Роза. Она вспоминает, что Бокстель за ней следил, когда она копала грядку. Эти факты наводят Корнелиуса на подозрения, что незнакомец (а лица его, ясное дело, Корнелиус не видел) интересуется не Розой, а тюльпанами. Корнелиус и Роза принимают меры предосторожности. Роза делает вид, что сажает тюльпаны на грядке, уходит и подсматривает за Бокстелем. Тот копается в земле, и становится ясно, что он действительно охотится за тюльпанами.

Корнелиус просит Розу хранить две оставшиеся луковички как зеницу ока: одну она должна взращивать согласно указаниям Корнелиуса, а другую хранить в шкафу и беречь, «как скупой бережет свою первую или последнюю золотую монету; как мать бережет своего сына; как раненый бережет последнюю каплю крови в своих венах». Доходит до того, что Корнелиус призывает Розу пожертвовать отношениями с ним, лишь только сохранить тюльпаны. Роза очень расстроена и обижена. «Я вижу, – сказала, рыдая, девушка, – вы любите ваши тюльпаны так сильно, что для другого чувства у вас в сердце не остается места». Она не приходит к Корнелиусу целых две недели и отсиживается в своей комнате.

В одиночестве Роза «накручивает» себя. Она думает, что если бы Корнелиусу «пришлось отдать свое сердце, то он, конечно, отдал бы его скорее тюльпану, то есть самому благородному и самому гордому из всех цветов, чем Розе, скромной дочери тюремщика». В итоге «в борьбе черного тюльпана с Розой побежденным оказался черный тюльпан».