В целом русская армия в Польше действовала успешно. Военные экспедиции чаще всего заканчивались разгромом повстанческих отрядов. Военная инициатива была в руках русского командования. Мобильные отряды всюду преследовали мятежников. Успехи русской армии внесли разлад в руководство мятежом. Генерал Мерославский пытался установить свою власть над северо-западными районами Царства Польского, близ прусской границы, но в феврале был полностью разбит в двух сражениях и бежал в Париж.

Вслед за тем другой польский предводитель – молодой генерал Мариан Лангевич (Лянгевич) объявил себя «диктатором», низложив ЦНК. Лангевич провёл несколько сражений с русскими войсками и был окончательно разбит при Хробрже и Гроховиско. После чего 19 марта 1863 года, он, сняв с себя все полномочия, бежал в Австрийскую Галицию, где сдался местным властям.

Антикрестьянская политика польских повстанцев привела к скорому поражению восстания в западных губерниях России, где мятежная шляхта натолкнулась на всеобщую ненависть русских крестьян, чуждых им по крови и вере. Только в Литве и на самом западе Белоруссии мятежникам удалось получить некоторую поддержку.

На стороне организаторов мятежа выступили русские революционеры, проживавшие в эмиграции, в частности, «Колокол» А. И. Герцена. Для русских «нигилистов» польское восстание служило орудием борьбы с «проклятым царизмом». Но и поляки рассматривали поддержку русских революционеров лишь как инструмент ослабления России изнутри.

Один из теоретиков анархизма и народничества Михаил Бакунин снарядил морскую экспедицию революционеров, которая в марте 1863 года вышла из Соутгемптона (Англия) на пароходе «Уод Джексон» и направилась в Балтийское море. Пароход вёз оружие и амуницию для польских повстанцев. На борту находилось более 200 волонтёров из разных стран, комиссар «народного правительства» Демонтович и сам Бакунин. Революционный десант должен был высадиться в Литве. В апреле экспедиция прибыла в шведский порт Мальме. Однако по настоянию России груз был арестован. Отряд из нескольких десятков волонтёров добрался на лодках до литовского берега, но при высадке у Полангена был уничтожен. После этого, Бакунин и его спутники бежали в Англию.

Действия Муравьёва в Северо-Западном крае. Генерал-губернатором Северо-Западного края (Литвы и Белоруссии) в мае 1863 года был назначен генерал Михаил Николаевич Муравьёв, который решительно взялся за дело. По прибытию в Северо-Западный край Муравьёв предпринял ряд последовательных и результативных мер по прекращению восстания. Подход к решению проблемы у него заключался в убеждении, что чем жёстче он возьмётся за подавление восстания, тем скорее и с меньшим числом жертв его подавит. Одним из первых мероприятий являлось обложение высокими военными налогами имений польских помещиков. Обоснованием таких налогов являлась мысль, что если поляки имеют деньги на восстание, то должны предоставить их и на его усмирение. Имения польских помещиков, замеченных в активной поддержке восставших, отбирались в пользу государства. В результате этих действий Муравьёву удалось лишить восставших финансовой поддержки. В ходе военных операций подчинённых генерал-губернатору войск партизанские отряды восставших также были локализованы и вынуждены были сдаться властям.

В борьбе с участниками восстания Муравьёв прибегал и к мерам устрашения – публичным казням, которым подвергались непримиримые участники восстания и виновные в убийствах. Так, к смертной казни в мае 1863 года был приговорён и расстрелян ксендз Ишора, призывавший народ в костёле к восстанию.