В начале августа 1863 года власти ожидали «поголовного восстания» и штурма Варшавы. Военные не были уверены в надежности даже варшавской цитадели, где подозревали наличие «изменников». Александр II весьма резко оценивал итоги правления своего брата-наместника. С марта 1863 года помощником наместника «по военной части» являлся граф Фёдор Фёдорович Берг – бывший генерал-губернатор Финляндии, которого официальный Петербург готовил на смену царского брата. В начале августа 1863 года царь вызвал наместника на совещание в столицу. На совещании великий князь Константин выступил единственным оппонентом будущей «военной диктатуры». Остальные министры – участники совещания – одобрили основы новой политики в Польше, внесенные военным министром Д. А. Милютиным. Они предполагали переход к «самой строгой военной диктатуре» по опыту Литвы. Великому князю Константину пришлось покинуть Польшу. Его отъезд из Варшавы состоялся 27 августа 1863 года, а официальное увольнение – 19 октября 1863 года. В рескрипте царя говорилось о его «достойном самоотвержении». Виновником смуты был объявлен польский народ, не захотевший «понять и оценить» добрые намерения царя. Новый наместник Царства Польского Берг заменил польскую администрацию русской и установил военную диктатуру.
Кроме того, русским командованием были предприняты следующие меры. Было восстановлено военное положение, снятое в конце 1862 года. Сообразно с этим Царство Польское было разделено на военные отделы: Плоцкий (генерал-лейтенант Семека), Люблинский (генерал-лейтенант Хрущов), Радомский (генерал-лейтенант Ушаков), Калишский (генерал-лейтенант Бруннер), Варшавский (генерал-адъютант Корф), Августовский и для охраны сообщений особые отделы Варшаво-Венской, Варшаво-Бромбергской и Петербурго-Варшавской железных дорог. Начальникам главных военных отделов было предоставлено право судить взятых с оружием в руках повстанцев полевым военным судом, утверждать и приводить в исполнение смертные приговоры. Последовало назначение частных и военных начальников и учреждение военно-судных комиссий.
Войскам было приказано сосредоточиться в самостоятельные отряды из всех родов войск, заняв важнейшие тракты, и выслать подвижные колонны для уничтожения и рассеяния шаек мятежников.
Польские крестьяне неохотно вступали в ряды повстанцев и отдавали им провиант только под угрозой расправы. Нередко они открыто сотрудничали с русскими войсками. Уже в самом начале войны крестьяне одного из сёл привели к генералу Хрущову 20 мятежников во главе с собственным ксендзом. Позднее они сотнями вылавливали вооруженных повстанцев. В свою очередь, мятежники чинили страшные расправы над враждебным им населением, вырезая крестьян целыми семьями. И если бы в этот момент власть смогла бы обрести опору в крестьянстве, то, вполне возможно, мятеж и не получил бы столь сильного распространения. По настоянию Велёпольского наместник Константин Николаевич распорядился «сдерживать крестьянское население».