Император Зенон, учитывая важность такого открытия, присудил Кипрскому архиепископу некоторые знаки отличия: ношение пурпурной мантии, императорского жезла вместо обычного архиерейского посоха; право подписывать официальные документы красными чернилами и титул «Блаженнейший»; место председательствования на соборах было первым после 5-ти патриархов перед архиепископом Болгарским. Копия Евангелия от Матфея, которую Анфимий преподнес императору Зенону, была украшена драгоценными камнями и металлами и помещена в дворцовой церкви Свт. Стефана.
По возвращении на Кипр архиепископ на месте обретения мощей поставил церковь и келлии для монахов. Ящик с мощами был помещен в церкви, справа от алтаря, в месте, украшенном мраморными колоннами и серебряным орнаментом.
Антиохийский патриархат и в дальнейшем делал попытки подчинить себе Кипрскую Церковь. Но на Трулльском соборе в 691 г., 39-м его правилом, было еще раз подтверждено по- становление III Вселенского Собора об ее автокефалии.
Храм монастыря Св. ап. Варнавы близ Саламиса. X в.
В VII в. Кипром управлял из Константинополя так называемый «квестор», политически остров все еще подчинялся администрации Востока (Антиохии). В VIII в., в период правления императора Льва Исавра, имперские провинции были раздроблены на фемы, новые военно-гражданские области, и Кипр вошел в состав фемы Кивиррэот[16].
В течение VII–X вв. остров, как и многие пограничные территории Византийской империи, подвергался набегам арабов-мусульман[17]. Они не завоевывали его, а грабили и разрушали города, селения, уводили киприотов, в том числе духовенство, чтобы продать их в рабство. Особенно страдали прибрежные города, которые не были обнесены крепостными стенами.
Первое нападение на остров было совершено арабами под предводительством преемника Муххамеда Абу-Бекра в 632 г., второе – в 647 г. под предводительством Муавии. Высадившись в г. Саламис-Констанция, арабы тогда почти до основания разрушили его, а население уничтожили. Они прошли через весь остров, грабя и опустошая его, и наложили дань. В 678 г. между Муавией и императором Константином IV Погонатом (668–685) был заключен мирный договор, продленный Юстинианом II (685–695; 705–711). Последний решил переселить граждан Кипра на континент, на побережье Геллеспонта (пролив Дарданеллы), в местность, названную г. Юстинианополь (Новая Юстиниана). Архиепископ Кипрский Иоанн I, возглавивший это переселение в 692 г., получил тогда титул «архиепископ Новой Юстинианы и всего Кипра». Через 7 лет император решил, однако, восстановить население острова, оскудевшее за это время. Его указом оно было возвращено обратно. Тогда же был поставлен гарнизон для защиты от нападений мусульман. Тем не менее Кипр оставался в неопределенном положении между двумя соперниками и серьезно не контролировался ни тем, ни другим, хотя оба продолжали собирать дань и налоги.
Между тем, набеги на остров продолжались: в 726 г. (под предводительством Хисхама), 743 г. (во главе с халифом Валидом II), и особенно жестокие рейды были совершены Харуном-аль-Рашидом в 747, 773 и 806 гг.
Однако Кипр, кто бы ни был его условный правитель, даже в то время рассматривался как более желательное место для местожительства христиан, чем Сирия и Палестина. В 813 г. из этих стран началось массовое бегство христиан, преследуемых арабами. Часть их поселилась на Кипре, некоторые – в Константинополе, где они были приняты императором Михаилом II (820–829) и патриархом Никифором, которые послали денежные средства на остров для поддержки нового населения.