В 1914 г. Святейший Синод впервые принял Устав Кипрской Церкви (с некоторыми поздними дополнениями он действует в стране до сих пор). В том же году Великобритания в ответ на участие Турции в первой мировой войне аннексировала Кипр. В 1925 г. правительство Великобритании объявило об учреждении Королевской колонии на Кипре, которую должен возглавить верховный комиссар, назначаемый Законодательным Советом. Но разница в количестве выборных членов Совета между греками, с одной стороны, и официальными его членами вместе с турками, с другой стороны, была столь велика, что коренное население Кипра оставалось почти бесправным. Это привело к революционному выступлению в 1931 г. Его возглавили Никодим, епископ Китиона и Макарий, епископ Киринии. Вместе с другими членами Совета, представлявшими греческое население Кипра, они были высланы из страны, а восстание подавлено.

После смерти архиепископа Кирилла III в 1933 г. его функции исполнял епископ Пафоса Леонтий, поскольку в течение 14 лет (1933–1947) английские власти не разрешали избрание нового предстоятеля. Таким образом колонизаторы взяли курс на ликвидацию церковной иерархии, так как сохранение национальной самобытности у киприотов всегда было связано с деятельностью Церкви. Но Великобритания не могла игнорировать Кипрский вопрос после второй мировой войны, когда он стал предметом широкой гласности. Именно благодаря мудрой политике и широкой международной деятельности архиепископов Леонтия (1947), Макария II (1947–1950), и Макария III Кипр обрел независимость: 13 декабря 1959 г. Макарий III, первый европейский христианский лидер, был избран его президентом, а 16 августа 1960 г. была провозглашена Республика Кипр.

Вскоре, однако, политические события на острове стали угрожать потерей независимости. Дело в том, что соглашения о независимости Кипра вырабатывались представителями Англии, Турции и Греции без участия президента Кипра, которого пригласили лишь подписать их, а в случае отказа Великобритания пригрозила разделом острова. В соглашениях предусматривалась возможность присутствия на острове греческих и турецких войск, а также военных баз Англии. Конституция, составленная на основе этих соглашений, предоставляла кипрским туркам (18 %) необъяснимо большую долю участия в делах Кипра, что вызвало протест со стороны греков-киприотов. Макарий III в этой связи выступил в 1963 г. с предложением внесения изменений в действующую Конституцию. Но экстремистские элементы турецкой общины начали провоцировать столкновения на Кипре греческих и турецких общин, что привело к вмешательству греческих и турецких войск, и были организованы турецкие и греческие зоны Кипра с раздельным их управлением.

Под влиянием экстремизма в Кипрской Церкви возникла смута. В 1972 г. 3 митрополита Священного Синода выступили за отставку Макария III, но он был выбран кипрским народом еще на 5 лет. Великий и Верховный Синод поместных церквей (патриархатов Антиохийского, Александрийского, Иерусалима и Африки) отстранил митрополитов.