Принцип разграничения доходов, расходов и источников финансирования дефицитов бюджетов между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации предполагает закрепление соответствующих видов доходов, расходов и источников финансирования дефицитов бюджетов за бюджетами бюджетной системы, полномочий органов государственной власти (органов местного самоуправления), органов управления государственными внебюджетными фондами по формированию доходов бюджетов, источников финансирования дефицитов бюджетов, установлению и исполнению расходных обязательств публично-правовых образований.

Принцип самостоятельности бюджетов означает право и обязанность органов государственной власти и органов местного самоуправления самостоятельно обеспечивать сбалансированность соответствующих бюджетов и эффективность использования бюджетных средств, право законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти и органов местного самоуправления на соответствующем уровне бюджетной системы Российской Федерации самостоятельно осуществлять бюджетный процесс. Действие указанного принципа предполагает наличие собственных источников доходов бюджетов каждого уровня бюджетной системы, определяемых в соответствии с законодательством России. Законодательное закрепление полномочий по формированию доходов каждого из бюджетов осуществляется согласно Бюджетному кодексу и налоговому законодательству. Принцип самостоятельности также означает: право органов государственной власти и органов местного самоуправления самостоятельно определять направления расходования средств собственных бюджетов, право органов государственной власти и органов местного самоуправления устанавливать в соответствии с Налоговым кодексом доходы, которые подлежат зачислению в соответствующие бюджеты бюджетной системы; право органов государственной власти и органов местного самоуправления самостоятельно определять формы и направления расходования средств бюджетов, право органов государственной власти и органов местного самоуправления предоставлять средства из бюджета на исполнение расходных обязательств, устанавливаемых иными органами государственной власти и органами местного самоуправления, исключительно в форме межбюджетных трансфертов; недопустимость установления расходных обязательств, подлежащих исполнению за счет доходов и источников финансирования дефицитов других бюджетов бюджетной системы, а также расходных обязательств, подлежащих исполнению одновременно за счет средств двух и более бюджетов, за счет средств консолидированных бюджетов или без определения бюджета, за счет средств которого должно осуществляться исполнение соответствующих расходных обязательств, недопустимость введения в действие в течение текущего финансового года органами государственной власти и органами местного самоуправления изменений бюджетного, налогового законодательства и законодательства о других обязательных платежах, приводящих к увеличению расходов или снижению доходов других бюджетов бюджетной системы без внесения изменений в законы (решения) о соответствующих бюджетах, предусматривающих компенсацию увеличения расходов, снижения доходов, недопустимость изъятия дополнительных доходов, экономии по расходам бюджетов, полученных в результате их эффективного исполнения.

Принцип равенства бюджетных прав субъектов Российской Федерации, муниципальных образований означает определение бюджетных полномочий органов государственной власти субъектов Федерации и органов местного самоуправления, установление и исполнение расходных обязательств, формирование налоговых и неналоговых доходов бюджетов субъектов Федерации и местных бюджетов, определение объема, форм и порядка предоставления межбюджетных трансфертов в соответствии с едиными принципами и требованиями, установленными Бюджетным кодексом.