Новый патриарх, таким образом, имел стимул взирать на султана как на благодетеля и защитника Греческой православной церкви – в отличие от папы. Его власть и престиж были большими, чем у любого из его предшественников во времена поздней Византии, придавая ему почти что статус «греческого папы» и оправдывая популярный в то время лозунг «Лучше турки, чем латиняне!». Мехмед установил с Геннадием тесные дружеские отношения, часто вел с ним долгие беседы на богословские темы, а также подчеркивал стремление пополнить знания и проявлял интерес к христианской религии. По просьбе султана Геннадий написал историю ортодоксальной веры, которая была переведена на турецкий язык.

Это породило на Западе благочестивые надежды на то, что султан может в перспективе обратиться в христианство. После падения Константинополя известный итальянский грекофил Франческо Филфельфо написал завоевателю письмо, с просьбой освободить его тещу, итальянку, вдову греческого философа, плененную при нападении на город. Он адресовал султану самые изысканные комплименты и выражал свое пылкое желание, чтобы тот перешел в христианскую веру. Утверждают, что папа Николай V молился за обращение султана в христианство после соответствующих напутствий – после якобы имевшего место обмена письмами, в которых Мехмед, говоря о себе как о преемнике и мстителе за Гектора, намекал на такую возможность.

Позже – и это представляется более правдоподобным – папа Пий II, опасавшийся, как бы султан не стал приверженцем ортодоксальных доктрин, написал ему, подробно изложив высшую мудрость и истину католических догм, и предложил крещение, так чтобы султан под покровительством папы мог бы стать величайшим из христианских государей. В самом Константинополе греческий философ, Георгий Амирутци, подготовил для султана исследование, указывающее на общие корни ислама и христианства, предлагая объединить их в одну религию или хотя бы признать их родство.

Все это, конечно, не могло повлиять на султана, считавшего себя инструментом Аллаха и наследником халифов, то есть духовно и политически связанным с исламом. Тем не менее Мехмед обеспечил выживание ортодоксальной христианской цивилизации. Он всегда оставался терпимым к христианам и продолжал, как и его отец, набирать новобранцев из христиан, демонстрируя предпочтение им по сравнению с мусульманами старой школы, и в первую очередь теми, кто разделял широту его взглядов.

Оставаясь терпимым в религиозных делах, Мехмед мог быть хладнокровно и часто жестоко беспощадным, каким он всегда показывал себя на поле боя, в политических и личных ситуациях. После завоевания города султан освободил из-под стражи несколько бывших министров императора, включая мегадука Луку Нотару, министра, по слухам якобы сказавшего в момент кульминации переговоров о союзе церквей, что он бы предпочел увидеть в Константинополе тюрбан, чем митру кардинала. Вначале султан обращался с ним уважительно и даже собирался назначить губернатором города, но отказался от этого намерения, поддавшись увещеваниям подозрительных советников. Чтобы проверить его, однажды вечером на банкете Мехмед, разгоряченный выпивкой (что было его частой привычкой) и известный своими разнообразными сексуальными вкусами, послал в дом Нотары евнуха с требованием прислать его миловидного четырнадцатилетнего сына для развлечения султана. Когда министр отказался, султан приказал немедленно отрубить голову Нотаре, а вместе с ним его сыну и зятю, и их три головы, как рассказывают, были помещены на банкетном столе перед султаном. Нотара попросил, чтобы сначала головы отрубили двоим юношам, дабы вид его собственной казни не лишил их мужества умереть как подобает христианам. Затем аналогичным образом были казнены другие представители греческой знати. Султан хладнокровно решил, что лучше устранить главных чиновников бывшего императора.