Что касается ваджраяны, то Ламой Цонкапой был написан ряд комментариев к тантрам Ваджрабхайравы, Чакрасамвары, Калачакры, Гухьясамаджи – таких как «Ясное описание пяти стадий Гухьясамаджи» (gSang-'dus- rim-lnga-gsal-sgron); комментарий к «Ритуалу мандалы Гухьясамаджи из двадцати строф» – тексту ученика Нагарджуны Нагабодхи и др. Грандиозным обобщением учений и практик тантр явился его трактат «Большое руководство по этапам тантры» (sngags-rim-chen-mo).

Примечательной чертой Ламы Цонкапы как философа и ученого являлось то, что, как правило, он создавал свои трактаты в ритодных условиях и при непосредственной поддержке идамов, практики которых он выполнял. Опора на сверхобычную связь с идамами – то, что с точки зрения современного академического рационализма выглядит как мифологизация его личности и творчества, в контексте буддийской учености квалифицируется как проявление высшего рационализма, основанного на единстве философии и медитации. Это явление не столько «нормальное», сколько вполне возможное и рационально объяснимое в махаянской традиции мировосприятия и концепции реальности, связанное также с активизацией сверхобычных ментальных ресурсов, превышающих возможности обычного интеллекта. Поэтому тексты Цонкапы являются не просто философским дискурсом, а результатом его медитативных инсайтов и духовного опыта. Все главные труды – тексты «Ламрим», важнейшие тантрические тексты, включая «Нгагрим-ченмо», и основные философские трактаты – имеющий огромное герменевтическое значение текст «Легше-ньингпо» (Legs-bshad-snying-po), «Океан аргументов» (Rigs-pa'i-rgya-mtsho) – комментарий к «Муламадхьямакакарике» Нагарджуны, «Разъяснение замысла» (dGongs-pa-rab-gsal) – комментарий к «Мадхьямакаватаре» Чандракирти – Чже Ринпоче написал в зрелый период, в последние два десятилетия его жизни. Из философских сочинений Чже Ринпоче два названных комментария имеют фундаментальное значение для понимания смысла срединного пути – мадхьямаки, которую обосновал Арья Нагарджуна.

К написанию комментария к «Муламадхьямакакарике» Нагарджуны, полное название которого гласит «Океан аргументов: Большой комментарий к тексту Нагарджуны “Mūlamadhya-makakārikā”» (dBu-ma-rtsa-ba’i-tshig-leur-byas-pa-shes-rab-ces-bya-ba’i-rnam-bshad-rigs-pa’i-rgya-mtsho-zhes-bya-ba-bzhugs-so) Чже Ринпоче приступил в 1407 г. в возрасте около пятидесяти лет, на пике своей духовной зрелости, имея полную базу первоисточников – сутр и шастр, которые он исследовал на протяжении всей жизни и над которыми в медитации провел множество затворничеств. Еще в то время, когда он проводил четырехлетний ретрит в Вёлка Чолунге, один год он посвятил медитации на мадхьямаку. В этот период у него было видение Нагарджуны с его пятью главными учениками. Один из них был Буддапалита. Он возложил текст своего комментария к «Муламадхьямакакарике», который известен как лучший (наряду с двумя трактатами Чандракирти) комментарий этого сочинения Нагарджуны и сокращенно называется просто «Буддапалитой», на голову Чже Ринпоче, тем самым даровав ему вдохновение и благословение. На следующее утро, когда Цонкапа просматривал восемнадцатую главу этого комментария, он обрел совершенное прямое постижение пустоты [Цонкапа 2012, с. XLVII; Thurman 2009, p. 35]. Тогда он сочинил текст «Хвала зависимому возникновению», который отражает самую суть открывшейся в том инсайте связи между пустотой и зависимым возникновением. И только спустя продолжительное время после этого, по просьбе тибетского царя, а также высоких духовных персон – таких как держатель Дхармы Кончог Цултим (dKon-mchog-tshul-khrim) и другие – он решил написать свой комментарий к «