В тот период, когда Чже Цонкапа находился в реципрокных отношениях Учитель-Ученик с ньингмапинским ламой-махасиддхой Кхенчен Намкха Гьялценом по приглашению того учителя в монастыре Лходрак, у него зародилось намерение отправиться в Индию к Майтрипе с целью развеять с его помощью свои сомнения в понимании мадхьямаки. Но Намкха Гьялцен, посоветовавшись со своим идамом Ваджрапани, сказал, что Цонкапа принесет больше пользы живым существам и своим ученикам, оставаясь в Тибете, а свои сомнения он может рассеять, задавая вопросы непосредственно идаму [Цонкапа 2012, с. XLVI]. Как сказал когда-то Кьябдже Триджанг Ринпоче, младший наставник Его Святейшества Далай-ламы XIV, «мы обязаны созданием «Ламрим-ченмо» и других трудов этому ньингмапинскому ламе, потому что если бы Цонкапа ушел из Тибета, он был бы для нас потерян» [Thurman 2009, p. 33].

Прислушавшись к совету Намкха Гьялцена, Чже Цонкапа остался в Тибете. В монастыре Раденг, который был основан Дромтонпой и откуда происходит традиция групповых ретритов, в этом месте, где жили великие геше, он, пребывая в ретрите, написал в 1402 г. в возрасте 46 лет по просьбе учеников и ради помощи многим живым существам свой великий энциклопедический труд «Ламрим-ченмо», который является коренным руководством к практике постепенного пути. Позже были написаны еще «Средний Ламрим» и «Малый Ламрим» («Песнь духовного опыта»), а также множество комментариев к практикам. В трех текстах «Ламрим» объясняется полная система поэтапной практики Пути, основанная на преданности Гуру как корне всех реализаций. Учитывая, что в Тибете в то время наблюдался упадок нравственной дисциплины практикующих, Лама Цонкапа написал комментарий к главе о винае «Уровней бодхисаттв» Асанги. Для того чтобы подчеркнуть, что для тантрической практики преданность Гуру имеет еще большее значение, чем для общего Пути, он написал комментарий к «Пятидесяти строфам почитания Учителя» Ашвагхоши. В Тибете до Чже Цонкапы трудам Дигнаги и Дхармакирти не придавалось должного значения в контексте Пути, поскольку логика, как уже было сказано выше, считалась «внешней» дисциплиной. С целью подвигнуть учеников к пониманию значения буддийской логики и эпистемологии на пути просветления, он преподал ряд соответствующих курсов во время коллективных ретритов.

И все это время он не прекращал передавать учения тантр и проводить тантрические ретриты. Так, в его биографии говорится, что в монастыре Вёлка Джампа Линг он дал учение о стадиях высших тантр, совмещая это с объяснением «Ламрим чен-мо» [см.: Thurman 2009, p. 39]. Здесь указан принципиальный момент: практики Ламрима – постепенной системы реализации общего Пути – являются фундаментом постепенной реализации быстрого Пути тантр. Именно к Чже Цонкапе восходит система совмещенной практики сутраяны и ваджраяны, позже получившая название «линия Венсапы» по имени махасиддха Гьялва Венсапы Лобсанг Дондруба (1504–1566). Он был главным держателем традиции устных учений, которые были напрямую получены Чже Цонкапой от Манджушри, как говорится об этом в биографии Цонкапы. Намтар (агиография) шести первых махасиддхов устной традиции школы гелуг [Willis 1995], в которой содержится биография Гьялва Венсапы, является свидетельством того, что благодаря разработанной Чже Цонкапой уникальной системе тантрической медитации его последователи достигали высших реализаций, образуя непрерывную линию махассиддхов школы гелуг. Устные учения (gsung-chos), сущностные наставления (gdams-ngag) и тайные инструкции (man-ngag) этой линии трансмиссии Дхармы, восходящей к Чже Ринпоче, служат «ключом» к пониманию буддийского философского наследия Индии и методологической основой системной практики Пути (трех этапов, пяти путей) в единстве сутраяны и ваджраяны.