«Народные правительства» предприняли меры по освобождению политзаключенных, снятию ряда запретов периода авторитарных диктатур, возвращению гражданства политэмигрантам, улучшению материального положения рабочих и служащих, либерализации общественной жизни. При этом были аннулированы военный договор с Эстонией и соглашение о Балтийской Антанте, распущены и частично разоружены военизированные организации, составлявшие опору прежних режимов (к 15 июля только в Латвии и Литве изъяты 36 214 винтовок и карабинов, 21 250 пистолетов, 47 легких и 17 станковых пулеметов, 2835 гранат и др.),[171] отстранены от работы некоторые сотрудники репрессивных органов. В целом первые политические шаги новых правительств снискали определенную популярность, способствовали оживлению общественной активности.

Крайне малый срок, отведенный на избирательную кампанию по выборам в парламенты прибалтийских стран (5–13 июля), соответствовал стремительным темпам изменения международной и внутриполитической ситуации, но при этом способствовал закреплению привилегированного положения ранее запрещенных и преследуемых коммунистов, быстро развернувших оргструктуры и составивших внятную предвыборную программу на фоне растерянности «буржуазных кругов» и снятия с выборов их списков по формальным и неформальным причинам. 14–15 июля состоялись выборы в народные Сеймы Литвы и Латвии и Государственную Думу Эстонии (избиратели поддержали единственные списки «блоков трудового народа»), обратившиеся затем с просьбой принять республики в состав СССР. Присоединение было оформлено в Верховном Совете СССР, соответственно, 3, 5 и 6 августа 1940 г. В. М. Молотов, выступая 1 августа на сессии Верховного Совета СССР, подчеркнул военно-стратегическую значимость принимаемых решений: «Первостепенное значение для страны имеет тот факт, что отныне границы Советского Союза будут перенесены на побережье Балтийского моря».[172]

В Латвийской, Литовской и Эстонской ССР проводилась национализация банков, промышленности и торговли, земля объявлялась «всенародным достоянием» и перераспределялась в пользу безземельных и малоземельных крестьян. Одновременно расширялись социальные гарантии для населения, предпринимались шаги по введению бесплатной медицины. Интеграция в государственную систему СССР начала интенсифицироваться еще осенью 1940 г. (введение советского рубля параллельно национальным валютам, применение системы советского уголовного права и др.), но наибольшие темпы набрала весной 1941 г. (на Латвию, Литву и Эстонию распространялось советское законодательство о паспортах, воинской повинности и т. д.).[173]

11 июля 1940 г. был образован Прибалтийский военный округ (ПрибВО), включавший в себя советские войска на территории Литвы, Латвии и западной части Калининской области РСФСР с дислокацией управления в Риге (формировалось на базе упраздненного Калининского военного округа). Командующим ПрибВО был назначен генерал-полковник А. Локтионов (июль 1940 – декабрь 1941 г.).

14 августа 1940 г. Политбюро приняло постановление «О преобразовании армий в Эстонской, Латвийской и Литовской ССР», согласно которому национальные армии предполагалось «очищать от неблагожелательных элементов» и преобразовать их, с подчинением командующему войсками ПрибВО, в стрелковые территориальные корпуса Красной армии: 22-й в Эстонии, 24-й в Латвии и 29-й в Литве. Нормативная численность одного корпуса устанавливалась в 15 142 человека, т. е. всего 45 426 человек.[174]

17 августа 1940 г. ПрибВО был преобразован в Прибалтийский Особый военный округ (ПрибОВО), с включением в его состав войск на территории Эстонской ССР (ранее – в ЛенВО) и передачей ответственности за управление войсками на части территории Калининской области Московскому военному округу. С декабря 1940 г. ПрибОВО возглавил генерал-лейтенант (с февраля 1941 г. – генерал-полковник) Ф. И. Кузнецов.