Действительно, в связи с началом войны и возможными угрозами Советский Союз предпринял ряд мер по мобилизации и развертыванию сил в регионе. Так, 8 сентября 1939 г. приказом наркома ВМФ сроком на месяц были задержаны 2193 младших командира и краснофлотца, подлежавших увольнению осенью 1939 г. В течение месяца на учебные сборы в КБФ было призвано более 20 тыс. военнослужащих запаса. Факт бегства в ночь на 18 сентября из Таллина интернированной польской подводной лодки «Ожел» руководство СССР восприняло с тревогой (в Наркомате ВМФ допускали возможность задействования скрывшейся субмарины в борьбе с советским судоходством в связи со вступлением 17 сентября Красной армии на территорию Восточной Польши – Западной Белоруссии и Западной Украины)[138] и решило использовать его для дальнейшего наращивания военного присутствия СССР в Финском заливе и политического нажима на Эстонию с целью создания надежной системы безопасности на Балтике.
На сухопутных границах с Эстонией и Латвией советское руководство также сосредотачивало группировку войск: в Ленинградском военном округе (ЛВО) разворачивались Отдельный Кингисеппский стрелковый корпус и 8-я армия, в Калининском военном округе – 7-я армия. На Белорусском фронте у границ Литвы готовилась к активным действиям 3-я армия (общая численность личного состава трех армий и стрелкового корпуса на 28 сентября – 6 октября 1939 г. достигала 437 тыс. человек, танков – 3052, артиллерийских орудий – 3635 единиц). Директива Наркомата обороны СССР № 043/оп от 26 сентября 1939 г. требовала от штаба ЛВО, у которого в оперативном подчинении с 15 сентября находилась и 7-я армия, «немедленно приступить к сосредоточению сил на эстонско-латвийской границе и закончить таковое 29 сентября».[139] В свою очередь, эстонская сторона завершила предмобилизационные приготовления к 27 сентября; Латвия демонстративных мер подготовки к войне в целом избегала.
Если совокупный мобилизационный ресурс личного состава армий прибалтийских государств достигал внушительных размеров (годные к службе – 876 тыс., военнообученные – 565 тыс., расчетная численность армий военного времени – 427 тыс., военизированные отряды – 140–170 тыс. человек), то их военно-техническая оснащенность была явно недостаточной для самостоятельного ведения боевых действий в современных условиях (винтовок – около 428 тыс. штук, артиллерийских орудий – 1546, танков и бронемашин – 136 единиц).[140] Советской разведкой, в т. ч. разведотделом КБФ, боевая подготовка и огневая мощь войск Эстонии и Латвии, состояние береговой обороны, развитие авиации и средств связи оценивались в 1939 г. как весьма слабые; более высокий уровень отмечался в развитии и взаимодействии ВМС двух стран в районах Рижского залива, Моонзунда и устья Финского залива.[141]
Однако военный сценарий не был задействован напрямую, уступив место дипломатическому, предполагавшему как договоренности с Берлином о распространении сферы советских интересов на Литву (закреплены в секретном протоколе к Договору о дружбе и границе от 28 сентября 1939 г.), так и вынужденное получение согласия прибалтийских стран на размещение у себя советских военных баз. Военный разгром Польши в сентябре 1939 г. и установление непосредственных границ между СССР и Германией кардинально изменили подходы советского руководства к оценке и обеспечению гарантий военной безопасности в Прибалтике: теперь планка минимальных требований Москвы к Балтийским странам повышалась до размещения в договорном порядке на их территории и акватории ограниченного контингента советских сухопутных, морских и военно-воздушных сил для отпора намечавшейся германской агрессии. Как справедливо отмечают современные российские военные историки, в частности С. Н. Ковалев, «переговоры проходили сложно, а обстановка требовала незамедлительных мер».