Командиры бригады одновременно выполняли функции военных агентов, то есть должны были доставлять в штаб Кавказского военного округа и в Военно-ученый комитет Главного штаба сведения относительно иранской армии, путей сообщения, вооружения и прочее, что предусматривалось «Инструкцией военным агентам и лицам, занимающим их должности» 1880 г. Статус официального военного атташе способствовал бы большей активности полковников в указанном направлении. А так загруженность бригадными делами не позволяла им полноценно выполнять функции по военной разведке.
К тому же полковники находились в щекотливом положении. Формально, согласно контракту, они должны были подчиняться военному министру (а неформально – шаху). Как представители России, они обязаны были согласовывать все свои действия с главой дипломатической Миссии. К тому же, как тайные военные агенты командиры ПКБ зависели от командования Кавказского военного округа (хотя эта зависимость была меньше, нежели две первые). В результате, Заведующие оказывались как бы в тройном перекрывающемся подчинении. Главной проблемой в данном положении было то, как следовало себя вести в случае конфликта интересов шахской и российской сторон. Невыполнение пожеланий персидского правителя или военного министра влекло за собой ухудшение отношения с их стороны к заведующему и ПКБ. В свою очередь, игнорирование или неполное выполнение инструкций российской Миссии могло спровоцировать конфликт с ней и отзыв из Тегерана. Исходя из вышеизложенного, нет ничего удивительного, если П. В. Чарковский действительно обращался к посланнику и кавказскому начальству с просьбами усилить свое положение. Тем не менее факты, доказывающие это, пока не известны. Судя же по внешним признакам, П. В. Чарковский, видимо, не стремился играть самостоятельную роль, как А. И. Домонтович, и старался исполнять указания русской Миссии.
14 февраля 1885 г. полковник П.В. Чарковский был назначен исполняющим должность начальника штаба 21-й пехотной дивизии[601], а в июне, в связи с окончание контракта, полковник отправился в Россию[602]. Из Ирана, помимо воспоминаний, он привез богатую коллекцию различных предметов искусства, хранящуюся в Эрмитаже[603]. До прибытия нового Заведующего, как и в предыдущий раз, исполнять его обязанности было поручено есаулу Е. А. Маковкину. Вместе с полковником из Персии убыло 2 офицера и 1 урядник из состава миссии. Остальные решили продолжить службу в ПКБ.
Таким образом, за время командования П. В. Чарковским ПКБ приобрела классический вид, который формально не изменялся вплоть до конца XIX в.[604] Внешне это была хорошо организованная, обмундированная и обученная воинская часть. Однако внутренние проблемы, проявившиеся в бригаде с момента ее появления, приобретают в рассматриваемый период более выраженные черты. Они оставались вне внимания сторонних наблюдателей, но постепенно стали оказывать всё большее влияние на внутренний климат ПКБ и ее положение. После смены А. И. Домонтовича и перехода И. А. Зиновьева на пост директора Азиатского департамента Министерства иностранных дел возобладала точка зрения на ПКБ как на политический (отчасти даже рекламный) проект, главными целями которого было недопущение в иранскую армию английских инструкторов и удовлетворение русскими руками потребности шаха иметь хорошо обученную воинскую часть. Результатом этого стал акцент в подготовке бригады на внешнее обучение, когда боеспособность и внутренняя целостность приносились в жертву показному эффекту. В дальнейшем это сыграло негативную роль, поставив в первой половине 1890-х гг. ПКБ на грань ликвидации.