Происходят и внутренние изменения: ФНПР уже не та, какой она была в 1990 г. при своём образовании. Конечно, и тогда 54 млн. членов фиксировались в значительной мере на бумаге благодаря удержанию профвзносов через бухгалтерии, обозначившиеся в то время центробежные процессы, ныне становятся все заметнее.

Гораздо самостоятельнее выглядят отраслевые профсоюзы и региональные федерации, зачастую ведущие собственную линию, с которой председателю и Совету ФНПР приходится все больше считаться. Яркие примеры здесь – деятельность Московской и Кузбасской Федераций. Для первой характерен крен в политическую борьбу с целью восстановления социализма (участие в создании Партии труда). Для второй лавирование между переговорами с рабочими комитетами и НПГ и угрозами все кузбасской забастовки с требованиями отставки главы администрации. Естественно, что в подобных условиях действия руководства ФНПР не отличаются целенаправленностью. Ему в значительной мере приходится маневрировать между мнениями правительства, собственной массовой базы и альтернативных профобъединений. В таких обстоятельствах важными опорами для ФНПР служат управление фондами социального страхования и участие в трёхсторонних комиссиях.

Радикализация требований и действий традиционных профсоюзов (медиков, учителей, транспортников и др.) – явление, вынужденное. Если бы аппарату ФНПР было гарантировано прежнее место в общественно-политической структуре общества, он нашёл бы возможности удержать отраслевые и региональные организации от радикальных шагов. Однако сегодня такие твёрдые гарантии немыслимы и потому руководители федерации побуждают профсоюзы к использованию нетрадиционного для них забастовочного движения для сохранения хотя бы нынешнего положения и авторитета у правительства и у масс. Об этом свидетельствуют события в Кузбассе, организация профсоюзов в целях нажима на правительство прибегла к угрозе все кузбасской забастовки и легко пошла на её отсрочку, не будучи уверенной в действительно массовой поддержке.

Особое место в профсоюзном движении в начале 90-х годов занимали объединения работников кооперативов, малых предприятий и предпринимателей (Всероссийская организация свободных профсоюзов «Единение», профсоюз «Свободный труд», Объединённый профсоюз трудящихся кооперативных предприятий, Ассоциация свободных профсоюзов малых, арендных и акционерных предприятий и ряд других). Строго говоря, эти организации могут быть отнесены к профсоюзам в общепризнанном понимании с большой натяжкой. С одной стороны, профсоюз собственников – нонсенс, так как условия его деятельности не могут регулироваться трудовым законодательством.

Сосуществование собственника и наёмного работника в одном профобразовании также не может считаться полноценным профессиональным союзом. С другой – цели таких организаций, хотя и ориентированы на защиту интересов своих членов, не могут быть признаны профессиональными интересами. В определённой мере эти объединения – такой же продукт полураспада советской модели социализма, как и кооперативы конца 80-х годов. (Как известно, под их вывеской складывались совершенно разнородные предприятия с различными целями и средствами их достижения).

Развал системы государственных профсоюзов (ВЦСПС) при сохранении старой законодательной базы её функционирования (КЗОТ, другие законодательные акты, старая Конституция, наконец) привёл к тому, что образовавшаяся брешь между реальной экономической жизнью и правовой базой её регулирования стала заполняться наиболее активными предпринимательскими элементами, по тем или иным причинам посчитавшими возможным (и выгодным) организовать вышеназванные профсоюзные структуры. Именно в этой среде получили распространение идеи перехода фондов социального страхования от государства (соответственно управляющей ими ФНПР) к профсоюзам, создания системы персонифицированного социального страхования.