Его жизнь в Наджафе была очень тяжёлой. На этот счёт можно процитировать воспоминания его покойной жены Джамили Фаршбаф Энтезар: «Во время жары летом мы вынуждены были жить в погребах на глубине нескольких метров под землёй. Там были даже змеи, но они ели остатки нашей пищи и никогда не причиняли нам вреда». Жена Алламы Джафари никогда не покидала его за все годы тяжёлых испытаний. Лишь немногие знают, насколько важной была её поддержка в жизни этого выдающегося иранского социального философа. После её смерти, на могиле своей жены, Аллама Джа‘фари выразил свою признательность в следующих словах:
«Эта женщина прожила со мной больше 40 лет, терпя все трудности, с которыми мы сталкивались […]. Она никогда не останавливала меня, она всегда позволяла мне делать то, чем я занимался, пренебрегая своими собственными желаниями. Я должен выразить ей свою большую признательность, особенно за те тяжёлые годы, проведенные в Наджафе. И за все эти сорок лет! На самом деле мне не остаётся больше ничего, как поблагодарить её за всё, что она сделала для меня, и помолиться о том, чтобы её душа покоилась с миром».
Алламу Джа‘фари связывала близкая и долгая дружба с Муххамадом Резой Музаффаром, великим философом, и Ахмадом Амином, известным математиком Багдадского университета и автором книги «Эволюция в исламе». Он хорошо разбирался в других областях знания – таких, как физика, эстетика, социология, история, психология и т д., и постоянно следил за событиями в западной и европейской литературе и науке. Его первая книга «Взаимоотношения человека и Вселенной», написанная, когда ему было 30 лет, показывает, что он не находился в стороне от современной научной мысли и литературы. Эта книга, рассматривающая проблемы физики и философии, показывает, насколько серьёзной он считал взаимосвязь современности с религией, относясь критически к модернизму и, в то же время, открыто потрясая основы догматизма в вопросах интерпретации положений религии. Важно отметить, что его критическая манера изложения была частью стиля молодого иранского учёного, обучение которого заключалось в беседах с ведущими исламскими мыслителями своего времени, учёного, погружённого в исследования актуальных направлений научной мысли. Конечно, не следует забывать о решающей роли религиозного мировоззрения в формировании его мысли и социальной теории, отражающих важнейшую роль единения как руководящего принципа знания. По поводу интегрального подхода к постижению знаний он сказал следующее:
«Истинный интеллектуал должен всегда иметь выход к огромному морю фактов в потоке в поисках ответов на свои бесконечные вопросы времени, следовать велению разума, подчиняться требованию обусловленности и знать факторы, имеющие решающее значение в устройстве жизни во всей её многогранности».
‘Аллама Джа‘фари твёрдо верил в диалог и интеллектуальное служение. Те, кто хорошо знал его и был свидетелем его многолетней учёбы и исследований, согласились бы с тем, что ничего не имело для него такого значения, как поиск знаний и участие в дебатах и актуальных дискуссиях. В поисках ответов на свои бесконечные вопросы он часто обращался от одной области знания к другой, проведя большую часть своей жизни за чтением работ выдающихся мыслителей, принадлежащих к разным интеллектуальным традициям и религиям, а также научных журналов, содержащие свежие материалы и идеи, которые ставили перед ним новые вопросы. Он часто говорил:
«Вопросы – признаки рвения со стороны исследователя, стремящегося к познанию неизвестных аспектов реальности. Вопросы, в действительности, означают, что вопрошающий говорит о том, что он уже достиг границы тьмы и света на своём пути к знанию, и что он жаждет преодолеть её. Поэтому преодоление мостов и хождение по кругу в сомнении, являющееся неотъемлемой частью феномена, называемого нами вопрошанием, довольно естественно. На самом деле, мы можем сказать, что чем больше мостов и поворотов мы уверенно переходим и проходим на долгом пути к знанию, тем лучше. Это подразумевает решение множества задач. В действительности, если мы примем тот факт, что вопросы иногда приходят в форме порывов и стремлений, вместо слов или письменных текстов, мы согласимся с тем, что никто не сможет рассказать о своей жизни, не поставив вопросов».