Продолжая труды прп. Трифона, преосвященный Иона благословил создание ряда монашеских обителей, в том числе в местах явления чудотворных икон, что способствовало их более широкому почитанию. Причем не только на Вятке, но также за ее пределами. Среди них Шерьинская Богородичная пустынь в Нытвенском районе Пермского края (1675); Верхокуринский Архангельский монастырь, в котором хранился образ Михаила Архангела на камне, обретенный близ села Курино (1676); Обвинский Верх-Язвинский монастырь в Соликамском уезде, где пребывала местночтимая икона Успения Пресвятой Богородицы (1686). В Орлове издавна почитался образ Спаса Нерукотворного («Спас болотный»), найденный в шести верстах от города. В 1693 г. владыка Иона положил начало строительству монастыря в честь этого образа, выбрал под него место и стал первым вкладчиком в новую обитель. Еще один храм в честь Нерукотворного образа Спасителя он благословил построить в Троицкой пустыни в селе Ульянове современной Республики Коми – последнем рубеже, которого достиг святитель Стефан Пермский в проповеди Христова Евангелия.

Среди обителей, основанных по благословению преосвященного Ионы: Котельничский Введенский девичий монастырь (1676), Кобрский (Закобрский) Введенский (1678), Пышакская Раифская пустынь (1691/92), Соликамский Преображенский женский (1687). При нем впервые упоминаются Оханная пустынь преп. Зосимы и Савватия Соловецких (1678), Кайгородский Спасский монастырь (1678), Сырьинская (Сырьянская) Сретенская пустынь (1678). При этом в новых монастырях святитель Иона стремился утвердить принципы общежительства, которые к тому времени были утрачены многими обителями.

Труды святителя Ионы по устроению монашеской жизни принесли добрые плоды. Одним из них стало появление целой чреды монахов-подвижников, среди которых архимандрит Александр, более трех десятков лет возглавлявший Трифонов монастырь; келарь того же монастыря Илья (Семакин), участвовавший в создании трех обителей; старец Игнатий, основавший в 1676 году Введенский монастырь на реке Кобре, которого высоко почитали современники. Не последнюю роль в этом оказал личный пример святителя Ионы, его высокий духовный настрой и безупречная жизнь (13, С. 72—82; 26).

Сроднившись с Вятским краем, преосвященный Иона принял в свое сердце и его святыни и, особенно, Нерукотворный образ Спасителя, с которым ежегодно хлыновцы обходили свой город крестным ходом. Примечательно, что первый, по времени, из дошедших до нас документов владыки – «Соборное изложение о праздновании пятой недели Великого поста от 13 марта 1675 г.», посвящен почитанию чудотворной иконы Хлыновского Спаса – Нерукотворного образа Спасителя. Ознакомившись с этой традицией, святитель Иона велел хранить ее «братии нашей, впредь будущим архиереом, со освященным собором, со всеми православными христианы, по вся лета неотложно и непременно, в род и род» (3, С. 34).

Такую же заботу владыка проявлял и по отношению к Великорецкому образу святителя Николая, для которого, по благословению преосвященного Ионы, при Кафедральном соборе был устроен особый придел, а также создана новая редакция «Повести» о чудотворной иконе, которая благодаря своим «хождениям» в Москву получила известность далеко за пределами Вятской земли (27, С. 35).

За свои труды в апреле 1682 г. преосвященный Иона был возведен в сан архиепископа (14, С. 215; 28, С. 37). С. А. Шамин связал возведение Ионы в сан архиепископа с проектом неосуществленной епархиальной реформы 1681 г. царя Федора Алексеевича, согласно которому предполагалось создать на Вятке митрополичью кафедру и подчинить Вятскому архиерею две новых епархии: в Соли Камской и на Кунгуре. Однако Церковный Собор отверг это предложение, решив: «Вятскую епископию учинить архиепископиею» (15, С. 472—473). Впрочем существует и другое предположение, будто царь Федор Алексеевич хотел перевести владыку Иону на Суздальскую митрополичью кафедру, однако святитель от этого назначения уклонился (24, С. 166).