Однако начавшиеся работы были омрачены бедствием, по своему размаху сравнимо с моровой язвой. В воскресенье 3 августа 1679 г. в Хлынове случился страшный пожар, в результате которого, по словам составителя «Времянника», «церкви святые все, и монастыри оба, и весь посад сгорели без остатку» (1, С. 59). В считанные часы город превратился в пепелище. Однако ни преосвященный Иона, ни хлыновцы не отчаялись и со временем смогли возродить свой город, украсив его дивными каменными храмами.
В 1683 г. был завершён строительством и освящён Свято-Троицкий кафедральный собор; в обители прп. Трифона возведены храм Успения Божией Матери (1689) и Никольская надвратная церковь (1695); в женском монастыре – храм Преображения Господня (1695) (1, С. 60—65; 14, С. 213; 15, С. 474). При этом святитель Иона распорядился перенести Воскресенскую церковь из Кремля на посад с таким расчетом, чтобы возрожденные «господские» храмы в честь Богоявления, Преображения, Воскресения и Вознесения Господня располагались вокруг каменного Спасского собора, возведенного в 1690 г. на «торгу» – главной городской площади. Так, чтобы жители могли видеть их на все четыре стороны. Подобно тому, как праведники в Царстве Небесном, куда бы они не обратили свой взор, везде будут видеть Лик Господа (25, С. 20—30).
Всего по благословению преосвященного Ионы были возведены 22 церкви (26). Н. Е. Завойская приводит следующие данные: «Причт церквей Хлынова в 1678 г. составляли 62 священно-церковнослужителя. Штат архиерейского дома включал двух приказных, дьяка, двух стряпчих, 7 подьячих, 14 детей боярских, 7 певчих и 22 служебника. Дворы приказных и домовых людей епископа располагались на посаде. Первыми среди приказных названы родной брат архиерея Роман Алексеев сын Тухаринов и, судя по фамилии, родственник Феоктист Яковлев сын Тухаринов. Вятский архиерейский дом имел подворье в Москве неподалеку от Златоустовского монастыря (угол Мясницкой улицы и Златоустовского переулка)» (14, С. 215). Все это решительно изменило облик и саму жизнь столицы Вятского края, его городов и сел.
Другим важным деянием вятского святителя стало прославление прп. Трифона Вятского, святые мощи которого были обретены, при личном участии владыки Ионы, в ночь на 3 июня 1684 г. при возведении в Трифоновом монастыре нового Успенского храма. О том, с каким смирением и благоговением перед святыней совершилось это событие, свидетельствовал его современник, вятский летописец:
«И июня против 3 числа, в 1 часу ночи, преосвященный Иона архиепископ того монасыря с архимандритом Александром, от собора священники ключарь Михаил да Иоанн Семенов, крестовой церкви священник Трифон Болшей да ризничный Иосиф Маренин, потщащася об обретении преподобного отца Трифона чюдотворца, бывша архимандрита тоя обители. Труждахуся землю копающее своими руками, идее же бе часовня над гробом преподобнаго. И в третьем часу, в три четверти часа, Божиим благоволением, обретоша мощи преподобнаго отца Трифона, Вятцкаго чюдотворца… И со псалмопением, со свещами и кандилы, пренесоша святые мощи в уготованную часовню, и по отпетии панихиды преосвященный архиепископ, со благоговейными отцы, в часовне втайне святые мощи свидетелствоваша, хвалу Трисвятому Богу со слезами воздающее: бяху же святые мощи изсохша в нетлении, ризы же его и схима невредимы, и на схиме подпись, яко на новой, преосвященный архиепископ прочитаху» (1, С. 61—62).
Мощи прп. Трифона были переложены в новую гробницу, а спустя пять лет, по окончании строительства Успенского собора, перенесены в храм, где, под спудом, пребывают поныне. По благословению святителя Ионы была составлена новая редакция Жития прп. Трифона и написана первая икона «начальника вятского монашества», список с которой владыка Иона благоговейно хранил в своей келье.