Он был выдающимся человеком, морским офицером, капитаном второго ранга. За отличную усердную службу и труды был награжден орденом святой Анны II степени и медалями. Во время Первой мировой войны Толстопятов проходил службу флагманским артиллерийским офицером в штабе командующего учебным отрядом Морского корпуса Его Императорского Величества наследника цесаревича.

По окончании военных действий Анатолий Михайлович прекратил свою строевую службу во флоте и занялся наукой. Его книги «Военно-морской словарь», «Литографические записки по физике», «Курс такелажных работ» стали учебниками в Морском корпусе и мореходных училищах. Кроме них Толстопятов представил Морскому ведомству два своих изобретения: «минный предохранитель» и «компенсационный аппарат для спуска шпонок». Известность ученого росла с каждым днем. Преподавательская общественность столицы отмечала широкий научный кругозор и педагогические способности Толстопятова. Но самого Анатолия Михайловича занимало другое. Следуя давнему решению послужить Богу и посвятить Ему всю свою жизнь, Толстопятов поступил в Петроградский Богословский институт, который окончил в 1920 году со степенью кандидата богословия, принял священство и новое имя отец Анатолий. Но свою преподавательскую деятельность в Училище командного состава он не оставил. Толстопятов обучал физике, механике и высшей математике будущих моряков советского флота до тех пор, пока ему не пришлось встать на защиту церковных святынь, которые были объявлены достоянием республики и подлежали экспроприации. За оказание сопротивления комиссии при изъятии церковных ценностей и возбуждение прихожан против законных действий власти Толстопятова осудили на три года лишения свободы со строгой изоляцией. Местом заключении отца Анатолия стала Петроградская тюрьма. Потом были Соловки, Пермь, Нижний Новгород, Алма-Атинские горы.

Отец Анатолий не роптал. Его выдержка и смирение удивляли стражей порядка. Узнику везде давали лестные характеристики: «Анатолий Михайлович Толстопятов владеет отличным техническим образованием, которое применяет к делу строительства дорог. Порученную работу выполняет добросовестно. По характеру спокоен, застенчив, трудолюбив и дисциплинирован. Поведение хорошее».

В Алма-Ате Толстопятов не раз совершал путешествия в горы, посещал тайные скиты, беседовал с местными пустынниками, мечтал остаться в горах и вести уединённый образ жизни. Но чекисты усмотрели в его действиях другой смысл. Монахов-пустынников обвинили в разведдеятельности и связи с зарубежьем. Отца Анатолия арестовали. Мудрость и твердость его ответов обезоружила чекистов, завела следствие в тупик, спасла жизнь многим монахам. Дело закрыли. Толстопятова освободили весной 1939 года, а всех, проходивших по его делу, осенью. Среди них был и Калижнюк.

Следователь вызвал его к себе, выдал документы и назвал адрес, по которому бывший заключённый Калижнюк должен будет явиться для назначения на работу. Оказалось, что Семёна Константиновича освободили по приказу Лаврентия Берии, который вспомнил про талантливого молодого инженера, лично представил его Иосифу Сталину и предложил назначить Калижнюка мастером на строительство Каттакурганского водохранилища в Узбекистане. Сталин кандидатуру одобрил, определил чёткие сроки, но… Завершить строительство помешала Великая Отечественная война.

Калижнюк ушёл на фронт, воевал на передовой. В 1943 году в отряде немногих избранных он охранял Тегеранскую конференцию лидеров трёх стран-союзников: Великобритании, США, СССР. В 1944 году, когда наиболее ценных специалистов стали отзывать с фронта для восстановления разрушенного хозяйства страны, вернулся домой и Калижнюк.