Между тем, учебная жизнь следовала своим чередом и требовала от питомцев академии неослабного и упорного труда. Умение идти навстречу житейским трудностям эстонской бедноты сочеталось в личности будущего священномученика со склонностями к серьезному богословскому поиску. К концу обучения в академии он обрел зрелость и самостоятельность богословской мысли. Вот какой отзыв профессора Н. Е. Троицкого о кандидатской работе Павла Кульбуша помещен в журнале совета академии за 1893–1894 учебный год: «Г. Кульбуш прослеживает и анализирует два основных фазиса в развитии Лютерова учения о покаянии и исповеди. Причем он шаг за шагом следит за развитием мысли Лютера в том и другом фазисе от начала до конца, не опуская ни одной мелочи, ни одного внешнего влияния на ее метаморфозу, а стараясь всему отвести подобающее место, все оценить в меру его действительного значения. В результате получается совершенно ясная картина развития мысли Лютера о покаянии и исповеди в обоих фазисах, причем вполне разъясняющая и причины ее колебания, и конечный результат, на котором он остановился. Прекрасное знание латинского и немецкого языков позволило автору самостоятельно исследовать первоисточники. Диссертация г. Кульбуша вполне заслуживает не только кандидатской степени, но и особого внимания совета академии»[9].

Диссертация Павла Кульбуша была посвящена истории вопроса и исповеди у лютеран. Следует отметить, что даже богословский поиск будущего первосвятителя эстонской Церкви имел не отвлеченный, а сугубо практический, деятельный характер. Из всего многообразия богословских тем он выбрал ту, которая могла пригодиться ему в его будущем пастырском служении. Намечая тему диссертации, он думал не о степени кандидата, а о своем предстоящем служении в Рижской епархии, где сильно распространена была лютеранская вера. Вот почему главным объектом его изучения стали особенности протестантского вероучения.

Однако служить в Рижской епархии в качестве священника ему не пришлось. В 1894 году, по окончании Духовной академии, молодой священник Павел Кульбуш, рукоположенный 5 декабря в Петропавловском соборе, был определен по усердной просьбе эстонцев в эстонский приход Петербурга. В столице в то время проживало около 16 тысяч эстонцев. В основном, это были безземельные крестьяне, вынужденно переселившиеся в город в поисках заработка. Нанимались они, как правило, в Адмиралтейскую судоверфь и постепенно заселяли район Малой Коломны. Но только одна четверть из числа этих эстонцев исповедывала православие. Большая часть были лютеранами. Положение православных эстов, в отличие от их соотечественников-лютеран, оставалось крайне тягостным. К незнанию языка, к трудностям материального характера прибавлялось отсутствие своего прихода, а значит, духовного окормления и пастырского руководства. Православный эстонец, оказавшись в Петербурге, чувствовал себя в центре православной цивилизации покинутым и одиноким. Отец Павел сам впоследствии рассказывал о начале своей пастырской деятельности: «Если оглянуться на то, что имеют православные эстонцы в Петербурге теперь, то только самая упорная энергия, самая беззаветная надежда на будущее могут побудить не слагать оружия, – потому что теперь приход не имеет буквально ничего. Не говорим о храме, о школе, – нет ни облачения, ни Креста с Евангелием, ни мирницы и дароносицы – самых необходимых вещей для каждого пастыря – не говорим о сосудах, утвари и проч. На Рождество для славления епитрахилью пришлось позаимствоваться в соборе, Крестом у знакомого… для крестин нужно каждый раз выпрашивать все необходимое. И так без конца…»