В республике наряду с теократическими были созданы и республиканские органы власти (президент, правительство, меджлис), сфера деятельности которых несколько сужена теократическими структурами.

Исламская республиканская партия (ИРП) благодаря поддержке Хомейни стала фактически правящей партией в стране. Увольнение Базаргана с поста главы правительства в конце 1979 г. и отставка первого президента Ирана Банисадра летом 1981 г. свидетельствовали об усилении позиции лидеров ИРП и об устранении от власти как сторонников умеренно-либерального курса, так и поборников интересов торгово-предпринимательских кругов. После этого исламские власти предприняли наступление на позиции леворадикальных сил. Каждое из политических движений, недовольных захватом и узурпацией власти шиитским духовенством, действовало независимо от других себе подобных и погибало также в одиночку.

Наиболее сложным периодом для ИРИ оказалась восьмилетняя война с Ираком, где в целом Иран выстоял. Только внезапное и массированное применение Ираком против Ирана созданных им в тайне от остального мира ракет средней дальности и химического оружия, а также истощение ресурсов самого Ирана склонили Хомейни к принятию решения о прекращении войны и примирении с Ираком. Война стоила Тегерану 102–103 млрд долл. по оценкам специалистов ООН.

К моменту окончания войны в августе 1988 г. произошло разделение правящих верхов на два течения: «прагматиков» и «ортодоксов». Представители ортодоксального крыла выступали за жестко централизованную, находящуюся под контролем государства экономику, ограничение крупного частного капитала, экономическую автаркию и самоизоляцию от внешнего, особенно западного мира (таухидная экономика), исламизацию всех сторон жизни, борьбу всеми средствами и способами против «мирового империализма», а еще шире – против всего немусульманского мира.

«Прагматики», руководимые президентом Рафсанджани, осознавали, что задачу восстановления страны невозможно решить без привлечения иностранного капитала, закупок импортного оборудования взамен разрушенного и приглашения иностранных специалистов. Они предлагали провести широкую приватизацию значительной части объектов госсектора, создать благоприятные условия для развития частного капитала, расширить связи с внешним миром, в том числе и с западным, смягчить исламские «строгости» с целью формирования более привлекательного имиджа страны на мировой арене и в глазах иностранных инвесторов, до определенной степени либерализовать общественно-политические структуры, без чего невозможно успешное продвижение к свободной рыночной экономике. Кроме того, «прагматики» осознавали, что сохранение прежней политико-экономической системы в неизменном виде ведет к застою общества, чреватому социальным взрывом, к тому же признаки начали слабо проявляться.

Все же при всей остроте внутренних разногласий правящее духовенство никогда не доводило дело до явного раскола своих рядов, во всех случаях сохраняя своеобразную сословно-корпоративную солидарность.

Незадолго до своей смерти в 1989 г. Хомейни согласился пересмотреть взаимоотношения между Наблюдательным советом и кабинетом министров в сторону увеличения самостоятельности действия правительства. По новой редакции конституции самыми важными изменениями были ликвидация поста премьер-министра, повышение статуса правительства и роли президента, пост которого по конституции является высшим официальным постом в стране после рахбара.

Также произошел пересмотр экономической политики. Либерализация цен, отказ от дотаций убыточным госпредприятиям, приватизация части государственных компаний, организация свободных экономических зон, привлечение иностранных капиталов, либерализация валютной политики и переход к единому валютному курсу, смягчение контроля над импортно-экспортными операциями – однозначно свидетельствуют о стремлении Ирана перейти к рыночной модели развития. Названная ее сторонниками исламской, экономика дала неплохие результаты. Если первый пятилетний план развития, принятый в 1990 г., обеспечил ежегодный прирост ВВП на 6,5 %, то второй дал уже не менее 10 %. Дефицит госбюджета снизился за этот период с 50 % до 0,5 %. В 1996–1997 гг. норма капиталовложений составила 23,7 %, т. е. почти четверть ВВП реинвестируется в экономику, что является достаточно серьезным признаком инвестиционной привлекательности Ирана. Уровень бедности с 47 % снизился до 17 % от общей численности населения. С 1989 по 1996 г. производство стали в Иране возросло с 1,5 до 6,0 млн тонн, меди – на 350 %, алюминия – вдвое. Опережающее развитие получили машиностроение и производство военной техники.