Укрепление личной власти Наполеона сопровождалось подавлением учреждений, через которые проявляется общественная свобода. Представительные учреждения, поставленные в зависимость от правительства уже Конституцией 1799 г., постепенно превращались в советы при Наполеоне. Особенную неприязнь глава государства испытывал к Трибунату, в котором обсуждались предложенные правительством законопроекты. Критика депутатами некоторых консервативных положений проекта гражданского кодекса побудила первого консула резко сократить численность этого учреждения, «очистив» его от либералов, а также сделать заседания закрытыми и тайными, чтобы не вызывать дискуссии в обществе. А в 1807 г. Трибунат был упразднен. Законодательный корпус созывался по усмотрению Наполеона, и перерывы между сессиями порой длились по несколько лет. Государственный совет окончательно превратился в административное учреждение, а Сенат, чьи полномочия расширились согласно Конституции 1804 г., оказался в полной зависимости от Наполеона, формировавшего большую часть его состава и назначавшего председателя. Высшим политическим учреждением стал Тайный совет, состоявший из узкого круга назначенных Наполеоном особо доверенных лиц.

Жесткий контроль режим установил за периодической прессой как самым массовым средством информации, влияющим общественное мнение. Наполеон не признавал свободы слова, он утверждал, что права собственности на газеты есть лишь концессия, предоставляемая правительством, которое может эту концессию отозвать обратно. Уже в январе 1800 г. были закрыты 60 из 73 парижских газет. Издатели оставшихся газет были обязаны представиться в министерстве полиции, заявить о верности политическому режиму и согласовывать с правительством кандидатуры редакторов своих изданий. В 1810–1811 гг. была восстановлена цензура, а число газет в столице было сокращено до 4. В департаментах осталось по одному печатному периодическому изданию, которое находилось под контролем префектов.

Издатели и владельцы типографий должны были обязательно извещать префектов и министерство полиции о печатающихся книгах и брошюрах, чтобы властные органы при желании могли распорядиться о предварительной цензуре и не допустить распространения опасной для режима литературы. Писатели, осмеливавшиеся критиковать власть (г-жа Сталь, Шатобриан) были высланы из страны.

Под угрозой тюремного заключения запрещались как политические собрания и ассоциации, так и профессиональные стачки. Для лиц наемного труда были введены рабочие книжки без обладания которыми они квалифицировались как бродяги и подлежали полицейскому задержанию.

Роль министерства полиции в политической системе бонапартизма трудно переоценить. Ежедневно Наполеон получал сводку сообщений о происшествиях в империи, о настроениях подданных, о высказываниях и поведении лиц из политической элиты. Большую роль в организации и деятельности этого министерства сыграл бывший революционер, талантливый, хотя и беспринципный администратор Ж. Фуше. Произвольные аресты, с размахом организованная слежка за лицами, заподозренными в нелояльности режиму, изготовление компромата и провокации против политических противников сводили на нет конституционные гарантии индивидуальной свободы.

Наполеон стремился к установлению правительственного контроля за сферой образования. С этой целью была создана преподавательская корпорация – Университет – которая получила монополию обучения в высшей и средней школе. В состав Университета входили факультеты, лицеи и колледжи. Во главе этого учреждения был поставлен великий магистр, который назначал руководителей учебных округов, инспекторов и других администраторов. Начальное образование оказалось под контролем церкви, префектов и мэров. Целью этой централизации было формирование граждан, отвечавших потребностям государства. Этой цели служила в течение ряда лет и церковь, прославлявшая власть императора. В 1808 г. для школ был составлен новый катехизис, в котором служба императору приравнивалась служению Богу, а непослушание объявлялось смертным грехом.