По мере того как открывались великодержавные планы Густава Адольфа, в протестантской Германии усиливалось недружелюбие по отношению к Швеции. Его смерть привела к развалу антигабсбургского блока. Двойственная политика «союзников» Густава Адольфа, проявившаяся уже во время кампании 1631 г., теперь сменилась желанием поскорее помириться с Габсбургами, если те откажутся от Контрреформации за пределами своих наследственных владений. Продолжал плести интриги Ришелье. Пытаясь изолировать австрийский дом, он по-прежнему предлагал помощь и дружбу обеим борющимся лагерям в Германии. Разгромленная шведами Католическая лига попала в полную зависимость Фердинанда П. Однако венский двор пугало непомерно возросшее значение Валленштейна. Ведя переговоры с саксонцами, шведами, представителями чешских эмигрантов, французами, генералиссимус далеко не всегда сообщал императору об их ходе и своих замыслах, что внушало Фердинанду II самые мрачные подозрения. В начале 1634 г. Валленштейн был отстранен от командования и вскоре убит офицерами-заговорщиками, считавшими его государственным изменником. Имперские войска возглавил наследник престола эрцгерцог Фердинанд, который развернул решительное наступление против шведских полководцев, ссорившихся друг с другом и со своими немецкими союзниками. Характер шведских вооруженных сил, разбросанных по всей Германии, к этому времени сильно изменился: потеряв значительную часть своего первоначального состава, они пополнялись за счет наемников, которые нередко переходили из одного войска в другое, уже не обращая внимания на их религиозные знамена. Шведы теперь грабили и мародерствовали так же, как и все остальные войска. Развязка наступила 6 сентября 1634 г. в битве при Нердлингене, когда армия императора совместно с армией испанского короля (она направлялась из Италии в Нидерланды, а по пути должна была помочь католикам Германии) разгромила войска шведского фельдмаршала Г. Горна и герцога Веймарского. Сам Горн попал в плен, а герцог Веймарский вскоре после нердлингенской катастрофы со своей армией перешел на французскую службу.

В мае 1635 г. в Праге был подписан мир между императором Фердинандом II и саксонским курфюрстом Иоганном Георгом. Проведение «реституционного указа» в Саксонии откладывалось на долгий срок, причем это положение могло быть распространено на все протестантские княжества в случае заключения ими с императором соответствующих договоров. Подавляющее число князей и городов присоединились к Пражскому миру. Положение Габсбургов в Империи заметно укрепилось.

После Нердлингенской битвы и Пражского мира только открытое вступление Франции в войну могло предотвратить ее исход в пользу габсбургского блока. В феврале 1635 г. Ришелье возобновил союзный договор с Голландией, а затем и со Швецией. К новой антигабсбургской коалиции присоединились итальянские государства Венеция, Савойя и Мантуя, а также Трансильванское княжество. Французская армия начала военные действия против испанских и австрийских Габсбургов в Нидерландах, северо-итальянских землях, Пиренеях, но главным театром военных действий продолжала оставаться Германия. Определяющим фактором в войне стало франко-шведское военное сотрудничество, которое наладилось к концу 1630-х гг.

2 ноября 1642 г. шведский фельдмаршал Л. Торстенсон разбил имперскую армию при Брейтенфильде, после чего шведы заняли всю Саксонию и проникли в земли Чешской короны. Французские войска овладели Эльзасом. Действуя согласованно с силами Республики Соединенных провинций, французы одержали ряд побед над испанцами в Южных Нидерландах, нанесли им тяжелый удар в битве при Рокруа 19 мая 1643 г., а спустя три года захватили Дюнкерк в Па-де-Кале – базу испанских каперов, разбитых еще в 1639 г. на море голландцами. Весной 1645 г., когда державы уже вели переговоры о мире, Торстенсон вновь появился в Чехии и разгромил баварско-имперские силы под Янковом (6 марта). Со шведами должны были соединиться силы Трансильвании, которая, будучи вассалом Порты, с ее разрешения активно участвовала в Тридцатилетней войне. Преемник Габора Бетлена князь Дьердя I Ракоци направился в Моравию с хорошо подготовленным войском. Однако на это раз Порта, не без оснований опасавшаяся усиления Трансильванского княжества и его объединения с Венгрией в случае поражения австрийских Габсбургов, принудила Ракоци свернуть поход. Летом 1646 г. французскому маршалу Тюренну удалось в результате искусно проведенного похода прийти с Рейна и соединиться с Торстенсоном. Над Прагой и Веной вновь нависла угроза их захвата. Императору Фридриху III (1637–1657) становилась все яснее, что война проиграна.