Судя по всему, министр действительно пребывал в уверенности, что до кровопролития не дойдёт, и народ, испугавшись вооружённых солдат, мирно разойдётся. Он даже принял волевое решение «обезглавить» движение – поручил шефу жандармов К. Н. Рыдзевскому арестовать Гапона. Однако полиция, в силу того что священник засел в одном из домов рабочего квартала, и для его ареста пришлось бы принести в жертву не менее 10 человек, не решилась исполнить это поручение.182

В ночь на 9 января в столицу стали прибывать войска, а весь город был разделён на 8 районов. В каждый из них был назначен отряд войск из пеших и конных частей во главе с начальником отряда. В помощь начальникам отрядов были назначены местные полицейские приставы с младшими офицерами, околоточными надзирателями и отрядами городовых. Основные контингенты войск были размещены на мостах через Неву и Обводный канал, а общий резерв сосредоточен на Дворцовой площади. Перед отрядами была поставлена задача не допускать рабочие массы из пригородных участков в центр города и осуществлять патрульную службу для оказания содействия полиции.183 Общее командование частями, назначенными для подавления беспорядков, было возложено на командующего Гвардейским корпусом князя Сергея Илларионовича Васильчикова. Непосредственным его начальником был главнокомандующий войсками гвардии и Петербургского военного округа, дядя царя великий князь Владимир Александрович. По подсчётам советского историка В. Д. Бонч-Бруевича, около 40 000 солдат и полицейских должны были охранять общественный порядок.184

Утром 9 января в рабочих районах Петербурга стали формироваться многолюдные колонны. Их общая численность доходила до 140 тысяч человек. По плану священника, колоннам необходимо было преодолеть заставы на окраинах города и к 2 часам дня соединиться на Дворцовой площади. Здесь рабочие должны были вызвать царя из Царского Села и предложить ему принять депутацию. В случае согласия рабочие избирали из своей среды депутацию во главе с Гапоном, которая встречалась с царём, вручала ему петицию и предлагала её рассмотреть. Однако царь должен был немедленно клятвенно обещать подписать два указа – о всеобщей политической амнистии и созыве всенародного Земского собора.185 Если царь соглашался, Гапон выходил к народу и махал белым платком, что означало сигнал к всенародному торжеству. Если царь отказывался, Гапон выходил к народу и махал красным платком, что означало сигнал к всенародному восстанию. В этом случае рабочие должны были знать, что у них больше нет царя, и они должны добыть себе свободу сами.186

Но этим планам не суждено было сбыться. Двигающиеся к центру города людские колонны встречали войска. Директор департамента полиции Лопухин писал: «Наэлектризованные агитацией, толпы рабочих, не поддаваясь воздействию обычных обще-полицейских мер и даже атакам кавалерии, упорно стремились к Зимнему дворцу, а затем раздражённые сопротивлением, стали сами нападать на воинские части».187 Военным пришлось действовать согласно уставам, позволявшим открывать стрельбу в случае нападения, а также тогда, когда толпа не слушает предупреждений и подходит ближе известного расстояния. 9 января войсками были произведены залпы на Шлиссельбургском тракте, у Нарвских ворот, близ Троицкого моста, на 4-й линии и Малом проспекте Васильевского острова, у Александровского сада, на углу Невского проспекта и улицы Гоголя, у Полицейского моста и на Казанской площади. Особенно серьезным было сопротивление войскам на Васильевском острове, где не рабочие, а именно профессиональные революционеры строили баррикады и стреляли в солдат.