Директорами обсерватории в разное время были выдающиеся ученые А.Я. Купфер, Г.Н. Вильд, М.А. Рыкачев, Б.Б. Голицын, А.Н. Крылов, А.А. Фридман.

К 1924 г. деятельность ГГО определялась декретом «Об организации метеорологической службы в РСФСР», подписанным В.И. Лениным 21 июня 1921 г. По этому документу, ГГО руководила «всем метеорологическим делом», составляла инструкции для всех метеорологических станций, осуществляла их контроль и инспекцию, хранила все подлинники наблюдений и измерений, держала связь с зарубежными гидрометеорологическими организациями. Кроме ГГО, никто, никакое ведомство не имело права вести метеорологическое обслуживание.

Несмотря на широкие полномочия, предоставленные декретом, возможности ГГО были ограничены, ее реальное положение было тяжелым. Катастрофическое наводнение 23 сентября 1924 г. в полной мере обнаружило все противоречия между словами и делами в то время.

По наблюдениям ГГО и данным гидрометеорологических станций северо-запада РСФСР, начало осени 1924 г. в Ленинграде и окрестностях отличалось изменчивой погодой. Прекрасные дни «бабьего лета» сменялись ветреными и ненастными. На Балтике и Финском заливе 10—12 и 18—19 сентября отмечались штормы.

В Ленинграде 19 сентября наблюдалось редкое явление – смерч, вызвавший разрушения, хотя и в ограниченной зоне Васильевского острова. Погибла женщина, несколько человек было ранено. Вода в Неве поднялась до четырех футов, т. е. опасной пятифутовой отметки не достигла. Но на Адмиралтействе в ночь на 20 сентября горели предупредительные зеленые штормовые огни.

В неустойчивых условиях смены сезонов прогнозы погоды затруднены и в настоящее время. Прогноз ГГО на 23 сентября 1924 г. был опубликован накануне («Вечерняя Красная газета») и утром этого дня («Ленинградская правда»): «Предполагается следующая погода – температура от +15° до +7°, уменьшение облачности, возможны отдельные дождевые шквалы западной четверти. Опасение за наводнение отпадает. Вода вряд ли поднимется выше 4-х футов».

В дальнейшем, когда анализировалось наводнение, ГГО утверждала, что в первой половине дня 23 сентября на основании синоптической карты за семь часов утра было составлено уточнение о возможности подъема воды к вечеру того дня до 6 футов. В печать оно не попало, не говорилось также, было ли оно передано городским властям и другим потребителям.

Таким образом, прогноз ГГО с заблаговременностью около суток был совершенно ошибочным как по высоте наводнения, так и по общему характеру погоды. Уточнение с заблаговременностью примерно шесть– восемь часов верно указывало на тенденцию о ходе уровня, но не предполагало достижения катастрофической отметки.

Официальных заявлений по поводу ошибочного прогноза ГГО не последовало. В сообщениях с пленума Губисполкома, с различных заседаний и совещаний лишь отмечалось, что «наводнение оказалось неожиданным… обсерватория не допускала возможности наводнения… метеорология не относится к точным наукам…».

Но прогноз прослужил поводом для жесткой критики в печати деятельности ГГО в целом. 25 сентября «Ленинградская правда» опубликовала статью «Преступная ошибка». Ее автор – профессор Каменыциков, член Ленсовета – недолгое время в начале 1920-х гг. был директором обсерватории. Приведем выдержки из нее.

«Разве не преступление давать такие неверные предсказания по такому серьезному поводу, как наводнение? Никто не стал бы винить обсерваторию, что она не сумела вовремя предсказать наводнение. Но все мы, кому дорого наше советское строительство СССР, будем винить ее за то, что она обнадежила население в этот серьезный момент в категорической форме… Смотрели ли когда-нибудь на небо сотрудники обсерватории? Видимо, они совершенно не считаются с местными признаками. Видимо, все делается в обсерватории по-бюрократически. Рабочему государству нужно дело! Пора бы Главнауке обратить внимание на характер предсказаний ГГО. Они в огромном большинстве случаев не оправдываются, вводят в заблуждение руководящие государственные органы и причиняют нашему Союзу огромные убытки, вводят наш Союз в напрасные расходы. Нужно запретить ГГО давать предсказания и назначить особую следственную комиссию из партийных научных работников для проверки методов работ обсерватории, так как она совершенно не удовлетворяет своему назначению быть обсерваторией в нашем рабочем государстве». Публикация сопровождалась комментарием: «Редакция дает место поступившей поздно ночью статье тов. Каменыцикова, считая затронутый вопрос крайне важным и требующим дальнейшего выяснения».