По описаниям различных источников, картина этого катастрофического наводнения выглядит так. 23 сентября с утра ничто, казалось, не предвещало беды. Но около полудня подул с моря порывистый западный ветер. Нева и каналы стали набухать. В 13 часов 20 минут с Петропавловской крепости раздались первые пять предупредительных выстрелов – вода поднялась на 152 см. В 13 часов 50 минут разнеслись вторичные пушечные залпы, которые стали повторяться через каждые полчаса, а затем и через пятнадцать минут. В 15 часов вода пошла на город. На Васильевский остров – с двух сторон: со взморья и от Дворцового моста. В Галерной гавани были быстро залиты Гаванская и Опочинина улицы. На углу Гаванской улицы и проспекта Пролетарской диктатуры (ныне – Большой проспект Васильевского острова) вода прибыла больше чем на 107 см выше мостовой. Деревянная мостовая всплыла. А у моста вся река одной огромной волной рвалась к морю. Усиливающийся ветер бросал всю массу воды на берега.
С Петровского острова забил тревогу завод «Красная Бавария», где залило подвалы с солодом. С этого же времени стала наполняться Фонтанка. К 16 часам полны водой Екатерининский, Крюков и другие каналы, залита набережная Рошаля (ныне – Адмиралтейская). К 17 часам дня буря достигла наивысшего напряжения. Нева преодолела набережные заграждения и широким потоком полилась по городу. К 17 часам 30 минутам вода пробралась к Вознесенскому проспекту. Исаакиевский собор и Зимний дворец представляли собой острова. По улице Халтурина (ныне – Миллионная) мчалась широкая река. Затоплены Летний сад и площадь Жертв революции (Марсово поле). В районе улицы 3-го Июля (ныне – Садовая), у Никольского рынка и церкви – озеро. В смятении бродят очутившиеся не на той стороне жители. Благодаря сильному ветру все старое, ветхое с крыш и фасадов летит вдоль улиц, ветер сшибает с ног прохожих, выворачивает легковые фургоны. Залита Петропавловская крепость. Измерена высота – 274 см, после чего водомер залит, к нему невозможно пробраться, измерения прекращены. Вода прибывает на проспекте 25-го Октября (ныне – Невский). Всюду массы народу. Кругом очереди. Можно наблюдать такие картины: торговцы, находясь по пояс в воде, отпускают товары покупателям, стоящим по колена. В управлении коменданта города организуется «боевой штаб обороны от наводнения». Управление окружено водой по колено. Телефонная связь нарушена. Отдается распоряжение о курсировании лодок на Васильевском острове. Масса покалеченных лошадей. Залиты Большая Охта (прибрежные домишки – до второго этажа) и Малая Охта.
Переломный момент наступил примерно в 20 часов вечера. Сила ветра стала уменьшаться, его направление сменилось на северо-западное, вода упала на 30 см, затем быстро пошла на убыль. В 22 часа пушка Петропавловки дала последний выстрел. К 24 часам уровень воды опустился до 99 см. Наводнение окончательно прекратилось около 7 часов утра 24 сентября. Этот день был солнечным и тихим.
В самый разгар наводнения телеграф стал получать сообщения о начавшихся пожарах. В 19 часов 30 минут крупный пожар начался на Ватном острове (ныне не существует; здесь расположены метро «Спортивная», дворец спорта «Юбилейный», научно-исследовательский химический институт) в показательном заводе взрывчатых веществ на бывшем винном складе. Пожар сопровождался взрывами химических препаратов. Горели лесопильный завод в Новой Деревне, дом 77 на Кронверкском проспекте, дом 54 по проспекту Юного пролетария (ныне – Старо-Петергофский), громадный шестиэтажный дом по Нарвскому проспекту, заселенный рабочими. Жильцы спасались по водосточным трубам. Две женщины оборвались с третьего этажа, упали в воду, получив «общее сотрясение организма». Пожарные не могли подъехать к домам с машинами. Оказывать помощь пострадавшим от пожаров приходилось вручную. О жертвах не сообщалось. В Петроградский район была выслана саперная рота Н-ской дивизии для оказания помощи на пожаре химического завода.