Выплаты единоличному исполнительному органу партнерства как по трудовому, так и по гражданско-правовому договору являются объектом обложения налогом на доходы физических лиц на основании подп. 6 п. 1 ст. 208 НК РФ, при этом партнерство выступает налоговым агентом.

В части порядка налогообложения при компенсации расходов единоличному исполнительному органу партнерства единой позиции нет. Так, ФНС России в своем письме от 25 марта 2011 г. № КЕ-3-3/926 указала, что суммы компенсации издержек подрядчика (исполнителя) по договору о выполнении работ или оказании услуг в объект обложения налогом на доходы физических лиц включаться не должны. Налоговая служба объясняет это тем, что суммы, полученные физическим лицом в целях компенсации понесенных им расходов, могут быть признаны налогооблагаемыми доходами, только если компенсация была выплачена в интересах физического лица, так как в этом случае, согласно п. 2 ст. 211 НК РФ, у него возникает доход в натуральной форме. В свою очередь, партнерство компенсирует расходы единоличного исполнительного органа, понесенные в своих интересах, а не в интересах физического лица, выполняющего управленческие функции, что не приводит к возникновению у последнего налогооблагаемого дохода.

Иной позиции придерживается Минфин России. В своем письме от 5 марта 2011 г. № 03-04-05/8-121 оно указало, что суммы возмещения расходов исполнителя по договорам подряда и возмездного оказания услуг не являются компенсационными выплатами. Они не подпадают под действие п. 3 ст. 217 НК РФ и, таким образом, должны включаться в налоговую базу по налогу на доходы физических лиц.

Однако налогоплательщики имеют право на профессиональные налоговые вычеты на основании п. 2 ст. 221 НК РФ в сумме фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с выполнением этих работ (оказанием услуг). Если исходить из этой позиции, то единоличный исполнительный орган партнерства по суммам, полученным в качестве компенсации понесенных расходов, налоговой нагрузки фактически не несет, но при этом несет дополнительную административную нагрузку, поскольку налоговый вычет в автоматическом порядке не предоставляется.

Кроме того, у хозяйственного партнерства возникает неопределенность в отношении того, нужно ли удерживать налог на доходы физических лиц из сумм компенсации, выплачиваемых единоличному исполнительному органу в счет понесенных им расходов, или же этого делать не нужно. По данному вопросу у партнерства могут возникнуть споры с налоговыми органами.

Если партнерство будет удерживать налог, в его бухгалтерском учете соответствующие суммы должны отражаться по кредиту счета 68 «Расчеты по налогам и сборам» в корреспонденции со счетом 70.

Необходимо учитывать также, что расходы, связанные с компенсацией понесенных единоличным исполнительным органом затрат, если партнерство рассчитывает уменьшить на соответствующие суммы налоговую базу по налогу на прибыль, должны отвечать критериям, установленным в п. 1 ст. 252 НК РФ, т. е. должны быть обоснованы и документально подтверждены. Такие расходы экономически оправданы, если непосредственно связаны с выполнением обязанностей, предусмотренных договором, заключенным между партнерством и физическим лицом, которое осуществляет функции единоличного исполнительного органа. Кроме того, товары и услуги, стоимость которых компенсирует партнерство, должны использоваться единоличным исполнительным органом исключительно для целей управления партнерством.

На практике физическое лицо наряду с исполнением обязанностей единоличного исполнительного органа партнерства может одновременно выступать в качестве индивидуального предпринимателя и даже применять специальный налоговый режим (например, упрощенную систему налогообложения). Однако на порядок отражения в учете операций, связанных с оплатой управленческих функций такого физического лица, данное обстоятельство не влияет. Это обусловлено тем, что обязанности, связанные с управлением партнерством, физическое лицо осуществляет как высшее должностное лицо организации, входящее в ее структуру, а не как третья сторона, привлекаемая партнерством для оказания услуг по управлению. Кроме того, при прохождении государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя физическое лицо указывает виды экономической деятельности, которыми собирается заниматься как предприниматель, что позволяет отделить от них функции по управлению хозяйственным партнерством. Если такое лицо уплачивает единый налог в рамках специального налогового режима, на доходы, полученные от управления партнерством, это не распространяются – здесь действуют правила обложения налогом на доходы физических лиц