21 октября – 23 октября. Генерал Дюпюи и несколько сот французов были убиты арабами. Бонапарт, бывший в Гизе, принял решительные меры для подавления мятежа, причём во время усмирения было истреблено до 5 тысяч бунтовщиков. Когда наступило успокоение, Бонапарт занялся приготовлением к походу в Сирию, откуда угрожало вторжение турецких войск.
1799
январь. В Верхнем Египте Мурад-бей сделал попытку перейти в наступление, но 23 января при Саманхуде был разбит генералом Дезе и бежал в Нубию. Но спокойствие не восстановилось;оставшиеся беи, с Гассаном во главе, продолжали на правом берегу Нила собирать войска и средства для борьбы против французов и даже захватили часть французских транспортов.
февраль. Бонапарт решил идти в Сирию с 4 пехотными дивизиями (Клебера, Ренье, Бона, Ланна ) и 1 кавалерийской дивизией (Мюрата), всего 13 тысяч человек. Два осадных парка, из 8 орудий и 4 мортир каждый, было поручено адмиралу Перре доставить в Яффу из Александрии и Дамиетты с эскадрой из 3 уцелевших фрегатов. Вьючный обоз в 3 тысячи верблюдов нёс 15-дневный запас продовольствия и 3-дневный запас воды; 3 тысячи ослов – багаж пехоты по 5 килограмм на человека, Дезе, который остался в Верхнем Египте, было поручено сдерживать мамелюков. Управление Каиром было возложено на генерала Дюга; Мену управлял Розеттой. В Александрию был назначен Мармон. Всего в Верхнем Египте оставалось около 6500 человек, а в Нижнем – 10 тысяч человек.
09 февраля. Дивизии Клебера и Ренье прибыли к Эль-Аришу и, в ожидании остальных войск, обложили его.
19 февраля. Когда подошла вся армия, форт после небольшой канонады сдался. Отсюда французы двинулись к Газе, куда прибыли 26 февраля после тяжёлого перехода через пустыню.
03 марта – 07 марта. Осада Яффы. Французской армии под общим командованием Наполеона Бонапарта противостоял гарнизон османской империи под командой Ахмеда Аль-Джаззара. В начале марта французские войска, страдая по дороге от голода и жажды, испытывая предательство проводников и мародёров, подошли к Яффе. Город Яффа был окружён высокими стенами, усилен- ные башнями; кроме того османы построили обширные оборонительные укрепления. Однако перед стенами не было рва. Ахмед Аль-Джаззар поручил оборону своим войскам, среди которых было 1'200 артиллеристов. Перед дальнейшим наступлением куда-либо Наполеон должен был взять Яффу, вся судьба французской экспедиции зависела от этого, поскольку город был одним из главных торговых центров Великой Сирии, а городская бухта могла стать жизненно важным убежищем для флота Наполеона. 3 марта авангард под командованием Клебера подошёл к стенам города и занял позицию в двух лье (менее 9 км) от города, в то время как дивизии Бона и Ланна окружали город осадными линиями. На следующий день силы Мюрата предприняли рекогносцировку, но были встречены плотным огнём из тридцати орудий. В ночь с 4 на 5 марта против квадратной башни на южном валу города были установлены батарея для пробития стены и две контр-батареи. День 6 марта был посвящён завершению работ, несмотря на отражение многочисленных вылазок защитников города. Рано утром 7 марта Бонапарт послал офицера и трубача к аль-Язару с приказом сдать город, однако Аль-Джаззар приказал отрубить головы французским посланцам и организовать вы- лазку. В 7 утра французская артиллерия начала обстрел. К 13 часам французам удалось обрушить одну из башен. В 15 часов Бонапарт обошёл траншею и, решив, что брешь даёт шансы на успех, послал войска на штурм. Защитники доблестно сражались, не уступая ни клочка земли. В это время дивизия Бона, которая вела отвлекающие действия на севере, случайно обнаружила подземный ход. Дивизия немедленно устремилась туда и появилась в центре города. Заметив колебания защитников , дивизия Ланна усилила нажим и быстро овладела квадратной башней. Отчаявшиеся турки, оказавшись между двух огней, вступили в тесный бой с французами. Французы преследовали рассеянные остатки гарнизона из дома в дом. Французские посланцы, которые грубо потребовали сдать город, были схвачены, подвергнуты пыткам, кастрированы и обезглавлены, их головы были выставлены на колах на городских стенах. Такое обращение с парламентёрами и упорное сопротивление защитников вызвало ярость осаждающих:было вырезано множество мирных жителей. Адъютанты Богарне и Круазье, посланные, чтобы восстановить порядок и положить конец массовым убийствам, узнали, что большое количество османских войск заняло группу зданий и согласилось сдаться только после обещания, что им сохранят жизни. Два офицера согласились на их просьбу. Бонапарт не по- желал уважить обещания своего пасынка Евгения Богарне, что французы пощадят жизни пленных, и приказал казнить большую часть османских пленных (согласно отдельным источникам около 2440, а другим – 4100; подавляющую часть составляли албанцы). Пленные был расстреляны или заколоты штыками. Наполеон также приказал казнить османского губернатора Абдаллах-бея. Наполеон позволил сотням местных жителей покинуть город, надеясь, что они разнесут вести от падении Яффы по другим сирийским городам и устрашат их защитников. Но это привело к обратному ре- зультату: получив эти новости, защитники сражались более яростно. 19 марта французская армия была уже у стен Акры.