25 июля. Бонапарт 25 июля вступил в Каир и занялся организацией управления страны, приняв меры к успокоению жителей.

01 августа – 03 августа. Битва при Абукире, решающее морское сражение между королевским военно-морским флотом Великобритании под командованием адмирала Нельсона и флотом Французской республики под командованием адмирала де Брюе в Абукирском заливе вблизи устья Нила. Высадив в начале июля армию на берег, французский флот стал на якорь в Абукирском заливе в 32 километрах к северо-востоку от Александрии. Коммандер вице-адмирал Франсуа де Брюе полагал, что занял отличные оборонительные позиции. Французский адмирал даже не стал организовывать разведку и дозорную службу. Также к бою были приготовлены лишь орудия правых бортов, обращённые в сторону моря. 1 августа подошёл британский флот. Обнаружив позиции де Брюе, Нельсон атаковал французские корабли сразу с двух направлений – со стороны моря и берега. Оказавшиеся под перекрёстным огнём передовые корабли были вынуждены сдаться после ожесточённого трёхчасового сражения, в то время как основным силам удалось отразить первую атаку. После подхода подкрепления британцы усилили натиск, и к десяти часам вечера французский флагман  «Orient» был уничтожен. После гибели де Брюе, поражения авангарда и центра уцелевшие корабли французского флота попытались вырваться из залива. В конечном счёте, лишь арьергарду под командованием адмирала Вильнёва – двум линейным кораблям и двум фрегатам – удалось прорваться и уйти в море. Сражение изменило соотношение сил в Средиземном море, английский флот получил полную свободу действий. Также оно способствовало выступлению других европейских стран против Франции в рамках Войны второй коалиции. Армия Бонапарта оказалась в ловушке в Египте,

02 августа. Сознавая опасность близости войск Ибрагим-бея, Бонапарт выдвинул бригаду Леклерка по дороге на Белбейс. Её атаковали у Эль-Канка 400 мамелюков и арабов, эти атаки, однако, были отбиты.

07 августа. Возложив управление Каиром на Дезе, Бонапарт двинулся с дивизиями Ланна и Дюга к Белбейсу.

10 августа. Ибрагим-бей отошёл к Салагие (Салехие). Здесь произошло кавалерийское дело французского авангарда из 300 кавалеристов с арьергардом из тысячи мамлюков, прикрывавшим отступление Ибрагим-бея к границе Сирии. Оставив Ренье у Салагие, с приказанием укрепить этот пункт, а Дюга – у Мансуры, Бонапарт с остальными войсками отправился в Каир.

01 сентября. Турция объявила Франции войну.

02 сентября. Французские власти расформировали организации Мальтийского ордена и стали давить на римско-католическую церковь, вызвав недовольство населения. Более того, никто не получал зарплату и пенсии, а французы вынуждены были конфисковать всё золото и серебро из банков и дворцов ордена. Церковное имущество было изъято и использовано для оплаты похода в Египет, что возмутило население ещё больше. Терпение мальтийцев лопнуло и вылилось в восстание в разгар аукциона, на котором продавалось церковное имущество. Было образовано Национальное собрание Мальты, которое прозвали также и Мальтийской армией, собранной из ополченцев. Его батальоны вытеснили французов в Валлетту и взяли город в осаду: армией ополченцев численностью до 10 тысяч человек руководили Эммануэле Витале и канонник Франческо Саверио Каруана. Поскольку взять Валлетту ополченцам было невозможно сходу, они стали сооружать осадные укрепления, окружив гавань и начав обстрел французских позиций.

октябрь. Бонапарт с ещё большей энергией принялся за упрочение своего положения в Египте. Против Мурад-бея, державшегося в Верхнем Египте, был послан Дезе, который нанёс ему поражение 7 октября при Седимане и утвердился в этой части Египта. Для водворения порядка и уничтожения арабских скопищ в Нижнем Египте был предпринят ряд экспедиций. Одновременно с этим работали научные экспедиции. Управление Египтом было организовано на началах законности, в которой так нуждалась страна, изнывавшая под гнётом произвола. Все эти меры привлекли население на сторону французов, тем более, что Бонапарт объявил себя защитником верноподданных султана и врагом мамелюков.