Важное место в проекте общей части Налогового кодекса было отведено порядку определения или признания при налогообложении рыночной цены (подробно описывались обстоятельства, учитываемые при этом) и доходов налогоплательщика.

Одним из наиболее сложных вопросов является учет налогоплательщиков в налоговых органах. Проект кодекса в целом был ориентирован на то, чтобы сделать постановку на учет экономически более выгодной для налогоплательщиков, чем ведение теневой деятельности.

Предлагался новый подход к определению налогового правонарушения и порядку привлечения виновного лица к ответственности. Налоговые нарушения квалифицируются в зависимости от содержания нарушения и ущерба, причиненного неуплатой налога. При этом была предусмотрена дифференциация норм ответственности налогоплательщика, совершившего противоправное деяние в зависимости от четко определенных составов налоговых нарушений, а также в зависимости от умысла или небрежности совершения противоправного деяния.

Меры пресечения нарушений дифференцировались в зависимости от условий их совершения. Был предложен порядок, допускающий установление конкретных санкций с учетом смягчающих или отягчающих обстоятельств.

Предусматривалась процедура производства и рассмотрения дела о налоговом нарушении, а также процедура обжалования действия или бездействия налоговых органов или их должностных лиц.

В соответствии с предложением Президента Российской Федерации в проекте были уточнены положения в части предоставления федеральным органам налоговой полиции права осуществлять производство дознания и предварительного следствия по налоговым преступлениям в пределах предоставленной им компетенции и в соответствии с нормами уголовно-процессуального законодательства.

Принимая во внимание, что при построении справедливой налоговой системы в Российской Федерации должны быть гарантированы и защищены законность и правопорядок, в целях оперативного рассмотрения спорных вопросов, возникающих в процессе налогообложения, и принятия компетентных решений по ним, а также в целях обеспечения рассмотрения указанных вопросов относительно юридических и физических лиц в одной структуре, в концепции Налогового кодекса было предусмотрено введение института налоговых судов. Предполагалось формирование самостоятельной структуры налоговых судов по мере изыскания необходимых для этого источников. В представляемом проекте общей части Налогового кодекса из-за отсутствия финансовых ресурсов для формирования налоговых судов включены налоговые коллегии, подведомственные арбитражным судам.

Налоговый кодекс Российской Федерации в значительной части должен был стать законом прямого действия. Это касается прежде всего обеспечения прав и обязанностей участников налоговых отношений, единства и ясности, с точки зрения терминов и понятий, установления процедур и механизмов исполнения налогового обязательства, проведения налоговых проверок, обжалования решений контролирующих органов.

Допускалось существование подзаконных актов, но издаваться они должны были уполномоченными органами в соответствии с полномочиями, предоставленными им законодательными (представительными) органами власти или органами местного самоуправления. Подзаконные акты должны обеспечивать на основании Налогового кодекса Российской Федерации конкретизированное нормативное регулирование вопросов, отнесенных к ведению уполномоченных органов. При этом было установлено, что нормативные акты, изданные в противоречие с положениями Налогового кодекса, не подлежат применению. Признание нормативного акта налогового органа противоречащим Налоговому кодексу, должно осуществляться вышестоящим налоговым органом, налоговым органом, принявшим этот акт, либо в судебном порядке. Признание иных нормативных актов недействительными должно осуществляться в судебном порядке.