В проекте предусматривалась уплата только законно установленных налогов и сборов и вводилась норма, в соответствии с которой ни на кого не может быть возложена обязанность уплачивать налоги или сборы, не предусмотренные налоговым кодексом.

Устанавливалась также обязательность применения при налогообложении официально опубликованных актов налогового законодательства, действующих на день возникновения (наличия) обстоятельств, связанных с исполнением налогового обязательства. Актам налогового законодательства запрещалось придавать обратную силу. Право толкования норм и положений акта налогового законодательства было отнесено к компетенции органа, принявшего этот акт, или другого органа, получившего на это специальные полномочия. Устанавливался приоритет норм налогового законодательства при регулировании налоговых отношений, а также гарантировалась судебная защита налогоплательщика в случае введения нормативного акта, нарушающего принципы налогового законодательства.

В проекте говорилось, что ни одна норма налогового законодательства не может быть введена без подготовительного периода, необходимого налогоплательщикам для того, чтобы понять ее содержание и подготовиться к ее применению. Это же правило в полной мере относится и к введению самого Налогового кодекса в действие. Должно пройти несколько месяцев со дня его принятия до введения в действие, а для некоторых глав и статей предполагается и более длительный промежуток времени.

Предусматривалась обязанность ежеквартального официального опубликования сведений о поступлении средств от федеральных, региональных и местных налогов и сборов.

Устанавливались принципы налогообложения и сборов, в том числе запрещающие дискриминацию налогоплательщиков по каким-либо основаниям.

В целях обеспечения ясности и необходимого понимания изложенных норм и положений в проекте налогового кодекса введены и использовались собственные институты, термины и понятия, не подменяющие термины и понятия, используемые в других отраслях законодательства, а позволяющие наиболее точно изложить специфику и экономическое содержание регулируемых налоговым кодексом отношений, возникающих в процессе налогообложения.

В проекте общей части налогового кодекса раскрывались такие основополагающие понятия, как налог, объекты налогообложения, налогоплательщики и налоговые агенты, налоговое обязательство. Вводился институт представителей (законных или уполномоченных) налогоплательщика, которые могут взаимодействовать с налоговыми органами от имени или по поручению налогоплательщика.

Вводился институт налоговой тайны и устанавливалась ответственность налоговых органов за несоблюдение конфиденциальной информации о налогоплательщиках.

В проекте обшей части налогового кодекса была предусмотрена возможность консолидации при определенных условиях российских предприятий. Для этой цели, подчеркивается в налоговом кодексе, в составе одной консолидированной группы налогоплательщиков могут объединиться материнская и ее дочерние компании. Предприятия, принявшие решение о создании такой группы, должны пройти регистрацию в соответствующем налоговом органе, после чего эта группа налогоплательщиков при налогообложении (первоначально только по налогу на прибыль) будет рассматриваться в качестве единого налогоплательщика, составляющего консолидированный баланс и уплачивающего консолидированно налог. Все операции внутри группы будут рассматриваться как внутризаводской оборот предприятия и выводиться из-под налогообложения. Убытки одного предприятия могут погашаться за счет прибыли другого предприятия, участника этой группы. Не будут подпадать под налогообложение централизованное приобретение оборудования и передача его, а также передача финансовых ресурсов в рамках такой группы. На первом этапе консолидацию предполагалось разрешать в пределах юридического лица и в случаях, когда доля участия материнского предприятия в дочерних составляет 100 %. В дальнейшем – по мере накопления опыта – доля материнского предприятия должна быть снижена до 80 %. В целях предотвращения злоупотреблений не допускалась «смешанная» консолидация промышленных предприятий, банков, страховых организаций и других финансовых институтов.