Недостаточно просто вводить те или иные льготы, необходимо исследовать ситуацию для определения истинных причин их низкой эффективности и изменения ее к лучшему. Поэтому прежде чем вводить новые льготы, нужно запустить механизм оценки эффективности уже утвержденных льгот и постоянно проводить их мониторинг.

На текущий момент отсутствует нормативно-правовое обеспечение мониторинга инструментов налоговой поддержки деятельности инновационных организаций, необходимое для определения статуса исследовательских процедур, составляющих мониторинг и обоснования их финансирования. В Налоговом кодексе РФ отсутствует четко прописанная процедура налогового контроля и мониторинга процесса налогового регулирования инновационной деятельности хозяйствующих субъектов, что не позволяет осуществлять сбор и подготовку информации для принятия и анализа решений по дальнейшему развитию инновационной экономики России.

Не разработана и система показателей, которые смогли бы отражать текущее состояние дел каждый год, а не через 5-10 лет, как это указано во многих программах субъектов Федерации, что не позволяет выявлять ошибки в проведении политики поддержки инновационно-направленных организаций и своевременно исправлять их.

9. Низкий уровень социализации мер налоговой поддержки инновационной деятельности.

Одним из направлений развития инновационной деятельности является ее постепенная социализация, т.е. направленность не только на потребности рынка, но и на общечеловеческие ценности, обеспечивая тем самым устойчивое развитие. Социализация инновационной деятельности подразумевает отвлечение ресурсов на производство товаров и услуг, которые не обеспечивают прямой прибыли ее производителю, но в тоже время служат интересам общества. Перспективным и актуальным направлением социализации инновационной деятельности на современном этапе является экологизация, подразумевающая производство товаров и услуг, непосредственно защищающих природу и здоровье населения. Как правило, производство подобных товаров связано с особым риском неполучения прибыли, но в силу своей актуальности оно должно стимулироваться государством.

10. Недостаточность и неэффективность действующих налоговых инструментов налогового регулирования инновационной деятельности.

Исследовав причины низкой эффективности действующих мер, регулирующих налогообложение инновационной деятельности в разрезе отдельных налогов и прочих методов и инструментов налогового стимулирования, можно отметить, что в действующей редакции Налогового кодекса РФ предусмотрены льготы, касающиеся в основном двух налогов: налога на добавленную стоимость и налога на прибыль организаций.

По налогу на добавленную стоимость набор инструментов, стимулирующих инновационную деятельность, предельно ограничен. При этом экономическая специфика научных, инновационных организаций состоит в том, что инновационная продукция обладает большой добавочной стоимостью и в совокупной налоговой нагрузке этих организаций высока доля налога на добавленную стоимость.

По налогу на прибыль организаций предусмотрены многочисленные вычеты, носящие характер льгот, но все они предназначены для узкого сегмента, а именно для организаций сферы НИОКР, осуществляющих создание и разработку инновационной продукции. Организации же, внедряющие и потребляющие инновационную продукцию остаются вне поля зрения главы 25 Налогового кодекса РФ «Налог на прибыль организаций».

Налог на имущество организаций, по существу, не несет экономической целесообразности, потому что компания вынуждена платить налог, начиная с первого момента, когда у нее образовалось имущество.