Если сотрудник организации в течение 1 месяца работает в нескольких обособленных подразделениях, то в соответствии с письмом Минфина РФ от 24 января 2008 г. № 03-04-06-01/16 НДФЛ с доходов такого сотрудника должен перечисляться в соответствующие бюджеты по местонахождению каждого такого обособленного подразделения с учетом отработанного времени в каждом обособленном подразделении.
В письме ФНС РФ от 13 марта 2006 г. № 04-1-03/132 «О налогообложении доходовфизических лиц» отмечено, что если обособленные подразделения не имеют отдельного баланса и расчетного счета, то с доходов работников обособленных подразделений удержание НДФЛ должна осуществлять головная организация, перечисление осуществляется по местонахождению этих обособленных подразделений.
В случае если обособленное подразделение зарегистрировано в середине месяца, то НДФЛ уплачивается в бюджет по месту учета обособленного подразделения пропорционально доле дохода, начисленного за время работы в таком обособленном подразделении (письмо УФНС РФ по городу Москве от 26 декабря 2007 г. № 28–11/124267).
Согласно письму Минфина РФ от 16 января 2007 г. № 03-04-06-01/4 обособленное подразделение может выполнять часть или все функции юридического лица, а также представлять его интересы в отношениях с третьими лицами в пределах полномочий, предоставленных ему юридическим лицом. Руководители обособленного подразделения в отношениях с третьими лицами действуют на основании доверенности, выданной юридическим лицом.
Если обособленное подразделение организации производит выплату дохода своим сотрудникам, а его руководитель уполномочен юридическим лицом представлять по доверенности интересы юридического лица в налоговых органах по местонахождению обособленного подразделения, то такое обособленное подразделение исполняет обязанности юридического лица как налогового агента в отношении доходов, выплачиваемых обособленным подразделением своим сотрудникам. Такое обособленное подразделение обязано исчислять, уплачивать и перечислять в бюджет по месту своего учета НДФЛ с доходов своих сотрудников.
Встречаются случаи, когда организации нарушают порядок уплаты налога и перечисляют налог не по местонахождению обособленного подразделения, а по месту учета головной организации.
В таких случаях налоговые органы часто привлекают организации к ответственности по ст. 123 НК РФ за невыполнение налоговым агентом обязанности по удержанию и перечислению налога, а также начисляют на неперечисленные (не полностью перечисленные) суммы налога на доходы пени в порядке, указанном в ст. 75 НК РФ. Аналогичное мнение высказано в письме ФНС РФ от 17 января 2006 г. № 04-1-03/21 «Об уплате налога на доходы физических лиц».
Вместе с тем в судебной практике по поводу начислений пени существуют две разных точки зрения.
В постановлении ФАС Северо-Западного округа от 2 августа 2007 г. по делу № А56-12516/2006 суд сделал вывод, что если НДФЛ был перечислен налоговым агентом полностью по местонахождению (месту государственной регистрации) головной организации, а не по местонахождению обособленных подразделений, то это привело к образованию недоимки в соответствующие местные бюджеты. Однако уплата налога была произведена в целом своевременно, а пени могут быть начислены в соответствии со ст. 75 НК РФ только налоговому агенту, что НК РФ не допускается (п. 9 ст. 226 НК РФ), следовательно, начисление пени неправомерно без учета переплаты по налогу в целом у налогового агента. Более того, несоблюдение налоговым агентом порядка уплаты НДФЛ (направление части средств вместо одного бюджета в другой) также не может служить основанием для вывода о неуплате налоговым агентом налога в срок и начисления пеней. Поскольку данный налог является единым, то пени могут быть начислены при наличии недоимки в целом по налогу.