Налоговые органы производят зачет самостоятельно, а по налогам, уплачиваемым в связи с перемещением товаров через таможенную границу Российской Федерации, по согласованию с таможенными органами и в течение десяти дней после проведения зачета сообщают о нем налогоплательщику.

По истечении трех календарных месяцев, следующих за истекшим налоговым периодом, сумма, которая не была зачтена, подлежит возврату налогоплательщику по его письменному заявлению.

Налоговый орган в течение двух недель после получения указанного заявления должен принять решение о возврате указанной суммы налогоплательщику из соответствующего бюджета и в тот же срок направить это решение на исполнение в соответствующий орган федерального казначейства. Возврат указанных сумм осуществляется органами федерального казначейства в течение двух недель, считая со дня получения решения налогового органа.

Именно эти положения закона являются той лазейкой, которая используется недобросовестными налогоплательщиками не только для уклонения от уплаты налога, но и для хищения денежных средств из федерального бюджета. Проблема заключается в том, что отказ от процедуры возмещения НДС приведет к ущемлению прав значительного числа добросовестных налогоплательщиков. «Излишне» уплаченные ими денежные средства в виде входного НДС используются государством безвозмездно, фактически принося налогоплательщикам убытки в виде неполученной прибыли.

В то же время, какие бы изменения ни вносились в процедуру возмещения входного НДС, начиная с 1992 г., этот механизм продолжает широко использоваться для разного рода злоупотреблений и преступлений, наносящих ущерб государственным интересам.

Пунктом 4 ст. 176 НК РФ устанавливается специальное правило, согласно которому суммы налоговых вычетов, предусмотренных ст. 171 НК РФ в отношении операций по реализации товаров (работ, услуг) в соответствии с пп. 1–6 п. 1 ст. 164 НК РФ, облагаемых НДС по налоговой ставке 0 %, а также суммы НДС, исчисленные и уплаченные в соответствии с п. 6 ст. 166 НК РФ, подлежат возмещению путем зачета (возврата) на основании отдельной налоговой декларации, указанной в п. 7 ст. 164 НК РФ, и документов, предусмотренных ст. 165 НК РФ. Иначе говоря, возмещению подлежат суммы НДС, уплаченные организациями-экспортерами поставщикам товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации.

Возмещение это производится в форме либо налогового зачета, либо возврата денежных средств через орган федерального казначейства на счет налогоплательщика не позднее трех месяцев, считая со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации и необходимых документов.

Форма налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость по налоговой ставке 0 % утверждена приказом МНС РФ от 3 июля 2002 г. № БГ-3- 03/338 (ранее действовали приказы МНС РФ от 27.11.2000 г. № БГ-3–03/407, от 26.12.2001 г. № БГ-3–03/572).[33]

Отдельная налоговая декларация представляется налогоплательщиком в соответствующий территориальный налоговый орган, в котором он стоит на учете. Вместе с декларацией представляются документы, указанные в ст. 165 НК РФ (контракт с иностранным лицом, выписка банка, грузовая таможенная декларация, копии транспортных, товаросопроводительных и иных документов).

Решения о возмещении сумм НДС при экспорте товаров (работ, услуг) налогоплательщикам-экспортерам в объеме в течение месяца до 5 млн р., а также налогоплательщикам, являющимся традиционными экспортерами независимо от объема, принимаются налоговыми органами по месту постановки на учет указанных налогоплательщиков. После принятия решения о возмещении сумм налога указанные налоговые органы направляют заключение по форме № 21 на возмещение из федерального бюджета сумм налога на добавленную стоимость для исполнения в соответствующие органы федерального казначейства. Решения о возмещении сумм налога на добавленную стоимость при экспорте товаров (работ, услуг) налогоплательщикам-экспортерам в объеме свыше 5 млн р., не являющимся традиционными, принимаются соответствующими управлениями МНС РФ по субъектам Российской Федерации.