В 1895 году на территории Туркестанского таможенного округа была сформирована 31-я Амударьинская пограничная бригада со штатом 25 офицеров, 1 старшего врача, 2 младших медицинских работников, 1 ветеринарного врача, 915 нижних чинов. В 1899 году бригада вошла в состав созданного 7-го пограничного округа ОКПС. До 1910 года в бригаде также проходили службу вольнонаемные джигиты из числа местного населения.

С целью исследования судоходства по реке Амударье летом 1893 года лейтенант русского Императорского флота Вашкевич был откомандирован с Каспийского флота, где он служил, в Туркестанский округ. Прибыв в Чарджуй, он с небольшой командой на плоскодонном судне, на котором были установлены две паровые машины, отбыл в Сарай-Камар (нынешний Пяндж), и через 12 дней экспедиция достигла места назначения. На следующий год, летом 1894 года, уже на двух плоскодонных суднах несколько офицеров преодолели речной путь от Чарджуя до Сарая. Окончательное положительное решение по использованию Амударьи как средства водного сообщения принял адмирал русского Императорского флота Батурин, который на весельном судне вместе с четырьмя офицерами и отдельной командой в сентябре 1894 года в течение 16 дней проплыл вверх по Амударье от Чарджуя до Файзабада (нынешняя пограничная застава «Файзабад-Кала» Пянджского погранотряда), преодолев расстояние более чем в 600 км.

Начало Амударьинской флотилии положили заказанные Военным министерством буксиро-пассажирские пароходы «Царь», «Царица» и баржи «Петербург» и «Москва». В течение 1895–1901 гг. Амударьинская флотилия пополнилась еще 16 плавучими средствами: пароходы «Цесаревич Алексей», «Великий князь», «Великая княжна Ольга», «Император Николай II», 2 паровых катера, 8 барж, 2 каюка. Все суда флотилии подчинялись командующему Туркестанского военного округа.

Штаб Амударьинской бригады располагался в Патта-Гиссаре (Новый Термез), на расстоянии 1,2 км от берега Амударьи. На участке 11 гектаров, отведенном безвозмездно эмиром бухарским Саидом Абдул-Ахадханом [12] под строительство штаба бригады, раскинулся военный городок. В нем были построены большой парк с высаженными плодовыми и декоративными деревьями, меж которых вышагивали павлины, искусственный пруд с плавающими лебедями. Кроме того, здесь также располагались 30 небольших домиков для офицеров, священника, двух врачей, а также бригадный лазарет, церковь, офицерское собрание и баня. В двух километрах от городка были возведены большие казармы для личного состава. Все это было построено под руководством первого командира бригады полковника М. М. Костевича в течение четырех лет.

Амударьинская бригада делилась на четыре отдела. Штаб 1-го отдела располагался в Чарджуе, штаб 2-го отдела – в Патта-Гиссаре, штаб 3-го отдела – в Сарае, штаб 4-го отдела – в Йоле. В этих отделах насчитывался 51 пост, в том числе 15 – обер-офицерских. Каждый обер-офицер командовал 3–4 унтер-офицерскими постами. Посты, находящиеся под командованием обер-офицера, составляли отряд. 3–4 отряда, находящиеся под командованием штаб-офицера, составляли отдел.

На современном участке таджикско-афганской границы (Пянджский, Московский и Калай-Хумбский пограничные отряды) были сформированы два отдела (в Сарае и Йоле) и 22 поста пограничной стражи: «Овражный», «Айвадж», «Хошма», «Тахта-Куват», «Вахш» (у слияния Вахша и Пянджа; через Вахш переправлялись на стальном пароме, который обслуживала отдельная команда), «Ак-Тепе», «Нижне-Пянджский», «Караул-Тюбе», «Файзабад», «Сарай», «Средне-Пянджский», «Пянджский», «Ак-Джар», «Кызыл-Су», «Пархар», «Чубек», «Богорак», «Йол», «Хирманджоу», «Парвар», «Шагон», «Калай-Хумб». Посты располагались на расстоянии 10–15 километров друг от друга. Только между постами «Шагон» и «Калай-Хумб» расстояние превышало более ста километров. В 1900 году в Калай-Хумбе пост был снят ввиду труднодоступности района для подвоза продовольствия, фуража и вещевого имущества. И только спустя два десятилетия, т. е. после установления Советской власти в Калай-Хумбе в 1921 году, был вновь сформирован пограничный пост.