После взятия Самарканда К. П. Кауфман в очередной раз предложил эмиру заключить взаимоприемлемый мир, но получил отказ. В сложившейся ситуации русские войска продолжили наступление в глубь Бухарского эмирата и 2 июня разгромили основные силы эмира.

Только после этого бухарский эмир 23 июня 1868 года был вынужден заключить мирное соглашение с К. П. Кауфманом, согласно которому Бухара уступала России Самаркандский и Катта-Курганский округа, выплатила контрибуции на 500 тысяч рублей, признала над собой царский протекторат [6], предоставила русским купцам свободу торговли на ее территории. Бухарские эмиры стали послушными слугами царизма.

Проводя колониальную политику в Средней Азии, царское правительство одновременно стремилось к укреплению и расширению власти местных правителей. Так, русские войска оказали большую помощь бухарскому эмиру в покорении им центральных и юго-восточных районов Таджикистана, то есть Восточной Бухары, которые ввиду их отдаленности от центральных районов Бухары являлись практически самостоятельными бекствами. В 1869 году бекства Центрального и Южного Таджикистана признали над собой власть бухарского эмира. В 1877 году, после яростного сопротивления местного населения, Каратегин был присоединен к Бухарскому эмирату, а в 1879 году и Дарваз подчинился Бухаре.

С 70-х гг. в Бухарском эмирате русские предприниматели начали создавать фабрики и заводы, финансисты открывать банки, купцы развивать торговлю. Для наблюдения за русскими подданными, живущими в Бухарском эмирате, и для защиты их прав и интересов при дворце эмира была введена должность особого Императорского политического агента.

Кокандский правитель Худоярхан [7], также зависевший от русского царя, оставался в то же время более самостоятельным, нежели бухарский эмир. Однако последующие политические события привели к полной ликвидации Кокандского ханства.

Жестокий Худоярхан, легко пошедший на сделку с царизмом, чтобы удержаться на престоле, окончательно потерял уважение и авторитет среди местного населения. С уступкой России Ташкента и других населенных пунктов Худоярхан лишился доходов и наверстывал утраченное состояние усиленными поборами с населения.

В середине июля 1875 года в городе Узкенте произошло восстание против хана и царских властей. Во главе восстания находились представители мусульманского духовенства, отдельные крупные феодалы, сводившие личные счеты с Худоярханом. Когда повстанцы двинулись на Коканд, Худоярхан бежал под защиту царских властей. Предводители восстания провозгласили джихад – идею «священной» войны мусульман против «неверных».

22 августа 1875 года генерал-губернатор К. П. Кауфман во главе войска под крепостью Махрам нанес главным силам повстанцев поражение. Коканд открыл ворота перед русскими войсками. 25 сентября был заключен мирный договор, по которому все земли Кокандского ханства по правому берегу Сыр-Дарьи перешли к Российской империи.

Однако договариваться с кокандской знатью было легче, чем подавить народное движение. Восточная часть ханства по-прежнему была в руках повстанцев. Большая их часть вновь заняла Коканд. Начальником экспедиции для подавления восстания был назначен генерал М. Д. Скобелев. В зимнюю кампанию 1875/76 гг. он подавил и рассеял повстанцев.

19 февраля 1876 года Кокандское ханство было ликвидировано, а его территория под названием Ферганской области вошла в состав Туркестанского генерал-губернаторства Российской империи, которое простиралось от Аму-Дарьи на западе до Тянь-Шаня на востоке, доходя на юге до предгорий Памира.